Методология получения модифицированных олигодезоксирибонуклеотидов для создания эффективных инструментов молекулярно-биологических исследований

Тип работы:
Диссертация
Предмет:
Биологические науки
Страниц:
400


Узнать стоимость новой

Детальная информация о работе

Выдержка из работы

5.2 Введение 5'-трифосфатного фрагмента в процессе синтеза динуклеотидов 222

5.2.1 5'-Трифосфаты динуклеотидов 223

5.2.2 Трифосфаты морфолиновых нуклеозидов 240

5.3 Заключение к разделу 5 главы II 246

Выводы

Настоящая работа представляет собой систематическое исследование, посвященное разработке комплекса подходов к синтезу модифицированных олигодезоксирибонуклеотидов (СМЫ), в результате которого создана методология получения модифицированных ОсПЯ, в том числе в препаративных количествах. Предложенная в работе методология позволяет создавать новые инструменты молекулярно-биологических исследований на основе природных и модифицированных (МЫ.

1. Модернизирована синтетическая база получения 5'-фосфорилированных природных и модифицированных ОсШ с использованием 5'-фосфо-2'-дезоксинуклеотидов в качестве исходных соединений.

• Разработан новый экономичный и эффективный метод получения 5'-фосфорилированных защищенных мономеров. Метод отличается применением временных силильных защитных групп при ацилировании гетероциклических оснований 5'-фосфо-2'-дезоксинуклеотидов и новым способом введения и-хлорфенильной защитной группы путем активации 5'-фосфата под действием трифенилфосфина и 2,2'-дипиридилдисульфида в присутствии нуклеофильных катализаторов.

• Разработан оригинальный протокол крупномасштабного синтеза 5'-фосфорилированных ОсПЧ блочным триэфирным методом в растворе. Протокол обеспечивает эффективное протекание стадий деблокирования и конденсации.

• Разработан эффективный препаративный метод получения природных и модифицированных ОсПМ в растворе в рамках триэфирного подхода. Впервые синтезированы серии ОсПЧ и их конъюгатов с различными остатками (алкилирующими, гидрофобными, стабилизирующими комплементарные комплексы), а также аналоги ОёЫ, модифицированные по сахарофосфатному остову (фосфотриэфиры и метилфосфонаты) в препаративных количествах.

2. Сформирован комплекс подходов к получению ОсГК, модифицированных по сахарофосфатному остову и/или по гетероциклическим основаниям. Выбор метода синтеза модифицированных ОсШ в рамках разработанного комплекса подходов определяется типом вводимых функциональных, модифицирующих, реакционноспособных или репортерных групп и задачами дальнейшего использования производных Ос1Ы как инструментов молекулярно-биологических исследований. Предложенные подходы и методы позволяют получить ОсПЫ, модифицированные по любому положению, в том числе обратимо.

• Для модифицирования ОсПМ по 5'- и/или 3'- концам разработан подход к получению конъюгатов 5'-фосфорилированных ОсШ, основанный на эффективном препаративном варианте синтеза в растворе с помощью триэфирного метода. Присоединение модифицирующих остатков возможно как в процессе синтеза, так и постсинтетически — с предварительным введением линкерных групп во время синтеза.

• Для получения ОсПЧ, модифицированных по любому положению цепи, впервые предложено использовать оригинальные амидофосфитные синтоны, содержащие реакционноспособные метоксиоксалильные группы-предшественники, присоединенные по гетероциклическим основаниям или по углеводному остатку нуклеозида. В препаративном варианте триэфирного метода синтеза в растворе использованы нуклеозиды, содержащие присоединенные к гетероциклическому основанию или к углеводному остатку защищенные аминоалкильные группы или предшественник (азидогруппу).

• Разработан подход к обратимому модифицированию ОсПЧ по концам олигомера и внутри цепи с использованием новых фотолабильных линкерных групп, содержащих онитробензильный фрагмент. Линкерные группы присоединяли по концевой фосфатной группе или по гетероциклическому основанию. Показано, что при облучении конъюгатов ОсПЫ, полученных с помощью этих линкеров, и их комплексов с биополимерами возможно освобождение немодифицированного олигомера или репортерного остатка в зависимости от дизайна линкерной группы.

• Предложен новый подход к обратимому блокированию межнуклеотидных фосфатных групп ОсШ, заключающийся в применении фотолабильных фосфотриэфирных аналогов СМИ, содержащих о-нитробензильный фрагмент. Разработан метод синтеза новых триэфирных фотолабильных аналогов ОсПЧ в растворе. Получены новые амидофосфитные синтоны для синтеза соответствующих производных на полимерном носителе.

3. Комплекс подходов к получению модифицированных Ос1Ы, сформированный в настоящей работе, позволяет осуществить дизайн и синтез новых производных ди- и олигонуклеотидов, перспективных в качестве инструментов молекулярно-биологических исследований.

• Впервые получены конъюгаты ОсИЧ с хромонами, кумаринами и фталоцианинами, перспективными соединениями для использования в качестве репортерных (хромоны, кумарины) и реакционоспособных (фталоцианины) остатков. Эти конъюгаты образуют комплементарные комплексы с повышенной по сравнению смодифицированными дуплексами термостабильностью.

• Получены конъюгаты ОсПЧГ, содержащие новые фотолабильные линкерные группы. Впервые получены фотолабильные фосфотриэфирные аналоги (МЫ. Определены условия расщепления новых фотолабильных производных ОсГМ и их комплексов с биополимерами в растворе и на полимерном носителе.

• Разработан новый эффективный метод синтеза 5'-трифосфатов динуклеотидов с использованием 5'-монофосфорилированных димеров в качестве исходных соединений и активации 5'-монофосфата под действием трифенилфосфина и 2,2'-дипиридилдисульфида в присутствии нуклеофильных катализаторов.

• Разработан новый подход к получению 5'-трифосфатов модифицированных моно- и динуклеотидов, заключающийся в синтезе в растворе нуклеозидной части молекулы, содержащей необходимые модификации и защитные группы, последующем введении трифосфатного остатка по свободной 5'-гидроксигруппе и в дополнительной постсинтетической обработке в случае необходимости. Созданы серии новых 5'-трифосфатов природных и модифицированных динуклеотидов -потенциальных субстратов для ферментов матрично-зависимого синтеза олигонуклеотидов.

• Предложены новые миметики НК на основе морфолиновых аналогов нуклеозидов, соединенных оксалилдиамидными связями. Разработана стратегия синтеза оксалилдиамидных морфолиновых миметиков РЖ, основанная на существенной разности в реакционных способностях функциональных групп мономеров. Стратегия отличается использованием бифункциональных реагентов и минимально необходимого количества защитных групп.

• Разработаны основанные на методах пептидной химии новые подходы к синтезу TV-метилкарбоксамидных морфолиновых олигомеров -протонируемых при физиологических рН миметиков НК. Показано, что аденин-содержащие олигомеры образуют более стабильные комплексы с поли (Ц), чем природный олигодезоксирибоаденилат такой же длины. Комплексы модифицированных аденин-содержащих олигомеров с поли (Ц) обладают большей термостабильностью в сравнении с поли (Т).

Благодарности

Считаю своим приятным долгом выразить искреннюю благодарность всем коллегам, верившим в меня и в мой труд.

Отдельная благодарность к.х.н. Лебедеву Александру Васильевичу, к.х.н. Старостину Владимиру Петровичу, к.х.н. Ивановой Евгении Михайловне, д.х.н. Сильникову Владимиру Николаевичу, как моим непосредственным руководителям, учителям и коллегам в разные периоды моей научной деятельности. Академика Дмитрия Георгиевича Кнорре и доктора химических наук Валентину Филипповну Зарытову искренне благодарю за благожелательное внимание и ценные советы при обсуждении результатов работы.

Моим многочисленным коллегам, особенно бывшим и нынешним сотрудникам НИОХ СО АН СССР, НИБХ СО АН СССР, ИХБФМ СО РАН, в соавторстве с которыми получены некоторые данные и написаны научные статьи, химическая часть результатов которых вошла в диссертацию, сердечное спасибо за сотрудничество.

Автор благодарит сотрудников, обеспечивавших физико-химические методы анализа и подтверждения структуры полученных соединений -Кандаурову Веру Васильевну, Скорову Анну Борисовну, к.х.н. Мамаева С. В., к.х.н. Герасимову Юлию Владимировну, к.х.н. Коваля Владимира Васильевича, к.ф.н. Ломзова Александра Анатольевича, а также многих других коллег.

Сердечное всем спасибо!

Заключение

Разработан эффективный препаративный метод получения природных и модифицированных OdN, основанный на применении триэфирного метода синтеза в растворе с использованием 5'-фосфатов 2'-дезоксинуклеозидов в качестве исходных соединений. Метод отличается универсальностью, масштабами синтеза и экономичностью. С его помощью получены серии 5'-фосфорилированных природных и модифицированных OdN в препаративных количествах. Эти олигомеры успешно использованы сотрудниками НИБХ СО АН и ИХБФМ СО РАН в качестве инструментов молекулярно-биологических исследований при проведении большого цикла фундаментальных работ по изучению закономерностей комплементарно-адресованной модификации НК, исследованию возможностей антисмыслового подхода к регуляции экспрессии генов и контролированию развития вирусных инфекций в культурах клеток и in vivo. С использованием полученных в настоящей работе фосфотриэфирных этилированных аналогов олигонуклеотидов сотрудниками НИБХ СО АН осуществлен цикл фундаментальных исследований по выявлению зависимости степени поглощения олиготимидилатов клетками от гидрофобности олигомеров (доли фосфотриэфирных фрагментов) и от конфигурации асимметрического фосфотриэфирного центра. Обнаружена зависимость степени комплементарно-адресованной модификации поли (А)-трактов мРНК этиловыми эфирами олиготимидилатов от конфигурации при асимметрических атомах фосфора в культуре клеток.

Применение эффективного препаративного метода получения природных и модифицированных OdN в растворе, разработанного в ходе настоящего исследования, позволило обеспечить модельными соединениями проведение фундаментальных работ по определению пространственной структуры комплементарных комплексов природных OdN, их конъюгатов и аналогов в растворе методом ЯМР в НИБХ СО РАН и Университете штата Техас (США).

В ходе разработки комплекса подходов к синтезу модифицированных по сахарофосфатному остову и по гетероциклическим основаниям ОсШ получены новые 5'- и/или З'-конъюгаты ОсШ с соединениями различной природы: интеркалирующими (хромонами, кумаринами), реакционноспособными (порфиринами, фталоцианинами, урокановой и имидазолуксусной кислотами), гидрофобными (холестерином) остатками. Для синтеза ОсШ, модифицированных внутри олигонуклеотидной цепи, впервые предложено использовать амидофосфиты, содержащие метоксиоксалилные группы-предшественники, присоединенные к гетероциклическим основаниям или к углеводному остатку. Реализация прекурсорного подхода с помощью этих синтонов открывает перспективы получения олигомеров, модифицированных внутри цепи, методами комбинаторной химии.

В ходе поиска транспортных форм ОсШ, предназначенных для антисмысловой терапии (про-ОсШ), предложен новый подход к обратимому блокированию межнуклеотидных фосфатных групп в ОсШ, заключающийся в применении фотолабильных фосфотриэфирных аналогов ОсШ. В рамках подхода осуществлен дизайн и разработаны методы синтеза новых фотолабильных триэфирных аналогов ОсШ в растворе и на полимерном носителе. Найдены условия фотодеблокирования этих соединений.

Для осуществления обратимого модифицирования ОсШ по концам олигомера или внутри цепи предложены оригинальные универсальные фотолабильные линкерные группы, содержащие о-нитробензильный фрагмент. Дизайн новых линкеров позволяет реализовывать различные стратегии синтеза конъюгатов ОсШ, гибко варьируя методы получения и место модифицирования в зависимости от целей дальнейшего применения конъюгатов.

Предложен новый эффективный метод синтеза 5'-трифосфатов природных динуклеотидов, основанный на активации 5'-монофосфата динуклеотидов под действием 2,2'-дипиридилдисульфида и трифенилфосфина в присутствии нуклеофильного катализатора. Разработан новый подход к синтезу 5'-трифосфатов модифицированных моно- и динуклеозидов. Подход заключается в комбинации синтеза нуклеозидной части молекулы в растворе с использованием широкого арсенала олигонуклеотидной химии с последующим введением трифосфатного остатка в защищенные соответствующим образом олигомеры и последующей постсинтетической обработке в случае необходимости.

С использованием новых подходов и методов созданы серии 5'-трифосфатов природных и модифицированных динуклеотидов -потенциальных субстратов для ферментов матрично-зависимого синтеза олигонуклеотидов. Трифосфаты содержат широкий спектр модификаций как в углеводофосфатном остове, так и в гетероциклических основаниях и могут быть полезны при синтезе высокофункционализированных НК или при создании аптамеров. Методы синтеза трифосфатов природных и модифицированных динуклеотидов защищены патентами РФ.

Разработаны дизайн и оригинальная стратегия получения новых оксалилдиамидных миметиков НК с использованием морфолиновых аналогов нуклеозидов. Стратегия основана на разности реакционных способностей аминогрупп мономерных синтонов и заключается в применении бифункциональных реагентов и минимального количества защитных групп. Разработаны новые методы синтеза в растворе и на полимере iV-метиленкарбоксамидных морфолиновых миметиков НК -урацил- и аденин-содержащих олигомеров длиной до 12−16 звеньев. Впервые показано, что комплексы iV-метиленкарбоксамидных аденин-содержащих олигомеров с поли (Ц) обладают большей термостабильностью в сравнении с поли (сГГ).

Показать Свернуть

Содержание

Принятые сокращения

Глава I. Синтез олигодезоксирибонуклеотидов и их производных (обзор литературы)

1. Основные проблемы при синтезе природных олигодезоксирибонуклеотидов и пути их решения

1.1 Основные этапы развития методов образования межнуклеотидной связи

1.2 Совершенствование фосфотриэфирного метода синтеза олигодезоксирибонуклеотидов

1.3 Крупномасштабный синтез олигодезоксирибонуклеотидов природного строения

1.3.1 Разработка методов быстрого деблокирования олигомеров

1.3.2 Параллельный синтез олигонуклеотидов

1.3.3 Препаративные синтезаторы ДНК

1.3.4 Синтез олигодезоксирибонуклеотидов на растворимых полимерах

Список литературы

1. Doudna J. A., Cech Т. R. The chemical repertoire of natural ribozyme // Nature. 2002. V. 418. P. 222−228.

2. Santoro S. V., Joyce G. F. A general purpose RNA-cleaving DNA enzyme // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997. V. 94. P. 4262−4266.

3. Hannon G. J. RNA interference //Nature. 2002. V. 418. P. 244−251.

4. Reese С. B. Oligo- and poly-nucleotides: 50 years of chemical synthesis // Org. Biomol. Chem. 2005. V. 3. P. 3851−3868.

5. Belikova A. M., Zarytova V. F., Grineva N. I. Synthesis of ribonucleosides and diribonucleoside phosphates containing 2-chloro-ethylamine and nitrogen mustard residues // Tetrahedron Lett. 1967. V. 8. P. 3557−3562.

6. Zamecnik P. C., Stephenson M. L. Inhibition of Rous sarcoma virus replication and cell transformation by a specific oligodeoxynucleotide // Proc. Natl. Acad. Sci. 1978. V. 75. P. 280−284.

7. Stephenson M. L. Zamecnik P. C. Inhibition of Rous sarcoma viral RNA translation by a specific oligodeoxyribonucleotide // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1978. V. 75. P. 285−288.

8. Ahn D. -g., Kourakis M.J., Rohde L.A., Silver L.M., Ho R.K. T-box gene tbx5 is essential for formation of the pectoral limb bud // Nature. 2002. V. 417. P. 754 758.

9. Deiters A., Yoder J. A. Conditional transgene and gene targeting methodologies in zebrafish // Zebrafish. 2006. V. 4. P. 415−429.

10. Hogrefe R. I. An Antisense oligonucleotide primer // Antisense Nucleic Acid Drug Dev. 1999. V. 9. 351−357.

11. Скоблов M. Ю., Баранова А. В. Подходы к терапии опухолевых заболеваний, основанные на антисмысловом подавлении экспрессии генов // Мол. медицина. 2008. № 8. С. 12−19.

12. Нетесов С. В., Маркович Н. А. Сравнительная оценка современных методов диагностики вирусных инфекций // Мол. медицина. 2008. № 5. С. 4147.

13. Стрельников В. В., Землякова В. В., Белецкий И. П., Грановский И. Э., Пальцева Е. М., 'Залетаев Д. В. ДНК-микрочипы в диагностике онкологических заболеваний // Мол. медицина. 2008. № 5. С. 4−11.

14. Sonveaux Е. The organic chemistry underlying DNA synthesis // Bioorg. Chem. 1986. V. 14. P. 274−325.

15. Zon G. Oligonucleoside phosphorothioates // Methods in Molecular Biolology. V. 20. Protocols for oligonucleotides and analogues. Synthesis and properties / Agrawal S., Ed. Totowa, New Jersey: Humana Press Inc. 1993. P. 165−189.

16. Knorre D. G., Vlassov V. V. Complementary addressed (sequence-specific) modification of nucleic acids // Prog. Nucleic Acids Res. Mol. Biol. 1985. V. 32. P. 291−320.

17. Годовикова Т. С., Зарытова В. Ф., Халимская JI. М. Реакционноспособные фосфамиды моно- и динуклеотидов // Биоорг. химия. 1986. Т. 12. С. 475−481.

18. Brown D. М. A brief history of oligonucleotide synthesis // Methods in molecular biology. V. 20. Protocols for oligonucleotides and analogues. Synthesis and properties / Agrawal S., Ed. Totowa, New Jersey: Humana Press Inc. 1993. P. 1−17.

19. Kurreck J. Antisense technologies. Improvement through novel chemical modifications // Eur. J. Biochem. 2003. V. 270 P. 1628−1644.

20. Aershot A. V. Oligonucleotide as antivirals: dream or realistic perspective? // Antiviral Res. 2006. V. 71. P. 307−316.

21. Braasch D. A., Corey D. R. Novel antisense and peptide nucleic acid strategies for controlling gene expression // Biochemistry. 2002. V. 41. P. 4504−4510.

22. Rayburn E. R., Zhang R. Antisens, RNAi, and gene silencing strategies for therapy: Mission possible or impossible? // Drug Disc. Today. 2008. V. 13. P. 513 521.

23. Juliano R., Bauman J., Kang H., Ming X. Biological barriers to therapy with antisense and siRNA oligonucleotides // Molecular Pharmac. 2009. V. 6. P. 686 695.

24. Venkatesan N., Kim B. H. Peptide conjugates of oligonucleotides: synthesis and applications // Chem. Rev. 2006. V. 106. P. 3712−3761.

25. Lonnberg H. Solid-phase synthesis of oligonucleotide conjugates useful for delivery and targeting of potential nucleic acid therapeutics // Bioconjug. Chem. 2009. V. 20. 1065−1094.

26. Gissot A., Campo M., Grinstaff M.W., Barthelemy P. Nucleoside, nucleotide and oligonucleotide based amphiphiles: a successful marriage of nucleic acids with lipids // Org. Biomol. Chem. 2008. V. 6. 1324−1333.

27. Michelson A. M., Todd A. R. Nucleotides part XXXII. Synthesis of a dithymidine dinucleotide containing a 3': 5'-internucleotide linkage // J. Chem. Soc. 1955. P. 2632−2638.

28. Khorana H. G., Razzel W. E., Gilham P. T., Tener G. M., Pol E. H. Synthesis of dideoxyribonucleotides // J. Am. Chem. Soc. 1957. V. 79. P. 1002−1003.

29. Sonveaux E. Protecting groups in oligonucleotide synthesis // Methods in molecular biology. V. 26. Protocols for oligonucleotide conjugates. Synthesis and analytical techniques / Agrawal S., Ed. Totowa, New Jersey: Humana Press Inc. 1994. P. 1−71.

30. Jacob T. M., Khorana H. G. Studies on polynucleotides. XXX. A comparative study of reagents for the synthesis of the C3'-C5' internucleotide linkage // J. Am. Chem. Soc. 1964. V. 86. P. 1630−1635.

31. Lohrman R., Khorana H. G. Studies on polynucleotides. LII. The use of 2,4,6-triisopropylbenzenesulfonyl chloride for the synthesis of internucleotide bonds // J. Am. Chem. Soc. 1966. V. 88. P. 829−833.

32. Khorana H. G. Nucleic acid synthesis // Pure Appl. Chem. 1968. V. 17. P. 349 381.

33. Letsinger R. L., Mahadevan V. Oligonucleotide synthesis on a polymer support // J. Am. Chem Soc. 1965. V. 87. P. 3526−2527.

34. Reese C B., Saffhill R. Oligonucleotide synthesis via phosphotriester intermediates: the phenyl-protecting group // Chem. Commun. 1968. P. 767−768.

35. Reese C. B., Zard L. Some observations relating to the oximate ion promoted unblocking of oligonucleotide aryl esters // Nucleic Acids Res. 1981. V. 9. P. 4783−4798.

36. Itakura K. Bahl P., Katagiri N., Michniewicrz J. J., Wightman H., Narang S. A. A modified triester method for the synthesis of deoxyribopolynucleotides // Can. J. Chem. 1973. V. 51. P. 3649−3651.

37. Berlin Yu. A., Chakhmakhcheva O. G., Efimov V. A., Kolosov M. N., Korobko V. G. Arenesulfonyl imidazolides, new reagents for polynucleotide synthesis//Tetrahedron Lett. 1973. V. 14. P. 1353−1354.

38. Jones S. S., Rayner B., Reese C. B., Ubasawa A., Ubasawa M. Synthesis of the 3'-terminal decaribonucleoside nonaphosphate of yeast alanine transfer ribonucleic acid // Tetrahedron. 1980. V. 36. P. 3075−3085.

39. Brown T., Brown D. J. S. Modern machine-aided methods of oligodeoxyribonucleotide synthesis // Oligonucleotides and analogs. A practical approach / Eckstein F., Ed. Oxford, New York- Tokyo: IRL Press. 1991. P. 1−24.

40. Miller P. S., Cushman C. D., Levis J. T. Synthesis of oligo-2'-deoxyribonucleoside methylphosphonates // Oligonucleotides and analogs. A practical approach / Eckstein F., Ed. Oxford, New York- Tokyo: IRL Press. 1991. P. 137−154.

41. Beaucage S. L., Iyer R. P. Advances in the synthesis of oligonucleotides by the phosphoramidite approach // Tetrahedron. 1992. V. 48. P. 2223−2311.

42. Letsinger R. L., Lunsdorf W. B. Synthesis of thymidine oligonucleotides by phosphite triester intermediates // J. Am. Chem. Soc. 1976. V. 98. P. 3655−3661.

43. Beaucage S. L., Caruthers M. H. Deoxynucleoside phosphoramidites a new class of key intermediates for deoxypolynucleotide synthesis // Tetrahedron Lett. 1981. V. 22. P. 1859−1862.

44. Garegg P. J., Lindh I., Redberg T., Stawinski J., Stromberg R., Henrichson C. Nucleoside H-phosphonates. III. Chemical synthesis of oligodeoxyribonucleotides by hydrogenphosphonate approach // Tetrahedron Lett. 1986. V. 27. P. 4051−4054.

45. Froehler В. C. Oligonucleotide synthesis: Я-phosphonate approach // Methods in molecular biology. V. 20. Protocols for oligonucleotides and analogues. Synthesis and properties / Agrawal S., Ed. Totowa, New Jersey: Humana Press Inc. 1993. P. 33−61.

46. Antisense research and application / Crooke S. Т., Lebleu В., Eds. Boca Raton, Florida, USA: CRC Press, Inc. 1993. 579 p.

47. Zon G., Stec W. Phosphorothioate oligonucleotides // Oligonucleotides and analogs. A practical approach. / Eckstein F., Ed. Oxford, New York- Tokyo: IRL Press. 1991. P. 87−108.

48. Krotz A. H., Cole D. L., Ravikumar V. T. Synthesis of antisense oligonucleotides with minimum depurination // Nucleosides Nucleotides Nucleic acids. 2003. V. 22. P. 129−134.

49. Song Q., Wang Z., Sanghvi Y. S. A short, novel, and cheaper procedure for oligonucleotide synthesis using automated solid phase synthesizer // Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids. 2003. V. 22. P. 629−633.

50. Sawadogo M., van Dyke M. W. A rapid method for the purification of deprotected oligodeoxynucleotides //Nucleic Acids Res. 1991. V. 19. P. 674.

51. Christodoulou C. Oligonucleotide synthesis: phosphotriester approach. Methods in molecular biology. V. 20. Protocols for oligonucleotides and analogues. Synthesis and properties / Agrawal S., Ed. Totowa, New Jersey: Humana Press Inc. 1993. P. 19−31.

52. Зарытова В. Ф., Иванова Е. М., Кнорре Д. Г., Форбрюгген X. Влияние п-^^диметиламинопиридина на образование межнуклеотидной связи в ди- и триэфирном методе синтеза олигонуклеотидов // Докл. АН СССР. 1980. Т. 255. С. 1128−1131.

53. Efimov V. A., Reverdatto S. V., Chakhmakhcheva О. G. Arylsulfonyl chlorides in the presence of jV-methylimidazole as efficient condensing reagents inphosphotriester oligonucleotide synthesis // Tetrahedron Lett. 1982. V. 23. P. 961 964.

54. Efimov V. A., Reverdatto S. V., Chakhmakhcheva O. G. New effective method for the synthesis of oligonucleotides via phosphotriester intermediates // Nucleic Acids Res. 1982. V. 10. P. 6675−6694.

55. Каюшин A. JL, Берлин Ю. А., Колосов M. H. Нуклеофильный катализ межнуклеотидной конденсации в фосфотриэфирном синтезе олигонуклеотидов //Биоорг. химия. 1982. Т. 8. С. 660−666.

56. Зарытова В. Ф., Иванова Е. М., Романенко В. П. Нуклеофильный катализ в реакциях арилсульфохлоридов с и-хлорфениловыми эфирами нуклеотидов при образовании межнуклеотидной связи // Докл. АН СССР. 1982. Т. 265. С. 878−881.

57. Зарытова В. Ф., Иванова Е. М., Романенко В. П. Синтез олигонуклеотидов в хлороформе триэфирным методом // Биоорг. химия. 1983. Т. 9. С. 516−521.

58. Boutorine A. S., Sun J. S. Postsynthetic functionalization of triple helix' forming oligonucleotides // Methods Mol. Biology. 2005. V. 288. P. 251−260.

59. Efimov V. A., Buryakova A. A., Reverdatto S. V., Chakhmakhcheva O. G., Ovchinnikov Yu. A. Rapid synthesis of long-chain deoxyribonucleotides by the N-methylimidazole phosphotriester method // Nucleic Acids Res. 1983. V. 11. P. 8369−8387.

60. Ефимов В. А., Бурякова А. А., Ревердатто С. В., Чахмахчева О. Г. Применение jV-метилимидазолидного фосфотриэфирного метода для получения олигонуклеотидов, полезных при изучении рекомбинантных ДНК //Биоорг. химия. 1983. Т. 9. С. 1367−1381.

61. Efimov V. A., Chakhmakhcheva O. G., Ovchinnikov Yu. A. Improved rapid phosphotriester synthesis of oligodeoxyribonucleotides using oxygen-nucleophilic catalysts //Nucleic Acids Res. 1985. V. 13. P. 3651−3666.

62. Froehler В. C., Matteucci M. D. l-Methyl-2-(2-hydroxyphenylimidazole: a catalytic phosphate protecting group in oligodeoxynucleotide synthesis // J. Amer. Chem. Soc. 1985. V. 107. P. 278−279.

63. Ефимов В. А., Аралов А. В., Грачев С. А., Чахмахчева О. Г. N-Азидометилбензоильная защитная группа в синтезе олигонуклеотидов фосфотриэфирным методом // Биоорг. химия. 2010. Т. 36. С. 681−687.

64. Rejman D., Masojikova М., Rosenberg I. Nucleosidyl-O-Methylphosphonates: apool of monomers for modified oligonucleotides // Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids. 2004. V. 23. P. 1683−1705.

65. Аралов А. В., Клыков В. H., Чахмахчева О. Г., Ефимов В. А. Мономеры, содержащие 2' -О-алкоксиметильные группировки как синтоны для синтеза олигонуклеотидов фосфотриэфирным методом // Биоорг. химия. 2011. Т. 37. С. 654−661.

66. Горн В. В., Зарытова В. Ф. Твердофазный синтез олигодезоксирибонуклеотидов, пригодных для непосредственного использования в лигазной реакции // Биоорг. химия. 1985. Т. 11. С. 808−814.

67. Горн В. В., Зарытова В. Ф., Потемкин Г. А., Средин Ю. Г., Полищук А. С. Синтез 5'-фосфорилированных олигодезоксирибонуклеотидовфосфотриэфирным твердофазным методом в ручном и автоматическом вариантах//Биоорг. химия. 1986. Т. 12. С. 1054−1062.

68. Adamiak R. W., Biala Е., Gdaniec Z., Mielewczyk S. Reactions of nucleoside heteroaromatic lactam systems with 4-chlorophenylphosphodichloridate and 1,2,4-triazole in pyridine // Chemica scripta. 1986. V. 26. P. 3−6.

69. Adamiak R. W., Biala E., Gdaniec Z., Mielewczyk S. New observations on nucleophile assisted phosphorilations of nucleoside heteroaromatic lactam systems during oligonucleotide synthesis // Chemica scripta. 1986. V. 26. P. 7−11.

70. Kamimura Т., Tsuchiya M., Koura K., Sekine M., Hata T. Diphenylcarbamoyl and propionyl groups: a new combination of protecting groups for guanine residue // Tetrahedron Letts. 1983. V. 24. P. 2775−2778.

71. Trichtinger Т., Charubala R., Pfleiderer W. Synthesis of 06-?> -nitrophenylethyl guanosine and 2'-deoxyguanosine derivatives // Tetrahedron Letts. 1983. V. 24. P. 711−714.

72. Chaudhuri В., Reese С. В., W^clawek K. Rapid oligodeoxyribonucleotide synthesis by the «filtration» method // Tetrahedron Letts. 1984. V. 25. P. 40 374 040.

73. Caruthers M. H. Gene synthesis machines: DNA chemistry and its uses // Science. 1985. V. 230. P. 281−285.

74. Потапов В. К., Потемкин Г. А., Зарытова В. Ф., Горн В. В., Средин Ю. Г., Шабарова 3. А., Кнорре Д. Г. Полуавтоматический твердофазный синтез олигодезоксирибонуклеотидов // Докл. АН СССР. 1981. Т. 263. С. 1386−1389.

75. Alvarado-Urbina G., Sathe G. М., Liu W. С., Gillen M. F., Duck P. D., Bender R., Ogilvie К. K. Automated synthesis of gene fragments // Science. 1981. V. 214. P. 270−274.

76. Kumarev V. P., Kobzev V. F., Kuznedelov K. D., Sredin Yu. G. Super-rapid synthesis of oligodeoxynucleotides on micro-scale1 // Nucleic Acids Symp. Ser. 1991. V. 24. P. 234.

77. Lashkari D. A., Hunicke-Smith S. P., Norgen R. M., Davis R. W., Brennan T. An automated multiplex oligonucleotide synthesizer: development of high-throughput, low-cost DNA synthesis // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1995. V. 92. P. 7912−7915.

78. Полушин H. H., Пашкова И. H., Ефимов В. А. Быстый метод полного деблокирования синтетических олигонуклеотидов // Биоорг. химия. 1991. Т. 17. С. 1145−1148.

79. Polushin N. N., Morocho А. М., Chen В. -с., Cohen J. S. On the rapid deprotection of synthetic oligonucleotides and analogs // Nucleic Acids Res. 1994. V. 22. P. 639−645.

80. Miller P. S., Parameswara M. R., Murakami A., Blake K. R., Lin S. -B., Agris С. H. Solid-phase synthesis of oligodeoxyribonucleoside methylphosphonates // Biochemistry. 1986. V. 25. P. 5092−5097.

81. Reddy M. P., Hanna N. В., Farooqui F. Fast cleavage and deprotection of oligonucleotides // Tetrahedron Letts. 1994. V. 35. P. 4311−4314.

82. Schulhof J. C., Molko D., Teoule R. The final deprotection step in oligonucleotide synthesis is reduced to a mild and rapid ammonia treatment by using labile base-protecting groups //Nucleic Acids Res. 1987. V. 15. P. 397−416.

83. Mullah В., Andrus A. Automated synthesis of double dye-labeled oligonucleotides using tetramethylrodamine (TAMRA) solid supports // Tetrahedron Letts. 1997. V. 38. P. 5751−5754.

84. Deprotection volume 3 — dye-containing oligonucleotides // The Glen Report. 2009. V. 21.2. P. 11.

85. Deprotection volume 1 — deprotect to completion // The Glen Report. 2008. V. 20.2. P. 8−9.

86. Sindelar L. E., Jaklevic J. M. High-throughput DNA synthesis in a multichannel format // Nucleic Acids Res. 1995. V. 23. P. 982−987.

87. Cheng J. -Y., Chen H. -H., Kao Y. -S., Peck K. High throughput parallel synthesis of oligonucleotides with 1536 channel synthesizer // Nucleic Acids Res. 2002. V. 30. e93.

88. Средин Ю. Г., Горяев E. П., Власов С. В. Аппарат для синтеза олиго (поли)нуклеотидов. Патент Р Ф RU 2 303 056 С2. Опубл. 10. 07. 2007. Бюлл. 20.

89. Scheuer-Larsen С., Rosenbohm С., Jorgensen Т. J. D., Wengel J. Introduction of universal solid support for oligonucleotide synthesis // Nucleosides Nucleotides. 1997. V. 16. P. 67−80.

90. Azhaev A. V., Antopolsky M. L. Amide group assisted 3'-dephosphorilation of oligonucleotides synthesizes on universal A-supports // Tetrahedron. 2001. V. 57. P. 4977−4986.

91. Azhaev A. V., Antopolsky M. L., Tennila Т. M. L., Randolph J. В. A comparative study of commercially available universal supports for oligonucleotide synthesis // The Glen Rep. 2004. V. 17. P. 1−8.

92. Guzaev A. P., Mankharan M. A conformationally preorganized universal solid support for efficient oligonucleotide synthesis // J. Amer. Chem. Soc. 2003. V. 125. P. 2380−2381.

93. New universal support Glen unysupport // The Gler Report. 2008. V. 20. P. 10−11.

94. Sanghvi Y. S. Large-scale oligonucleotide synthesis // Org. Proc. Res. Devel. 2000. V. 4. P. 168−169.

95. Anderson N. G., Anderson N. L., Taylor J., Goodman J. Large-scale oligonucleotide synthesizers // Appl. Biochem Biophys. 1995. V. 54. P. 19−42.

96. Pon R. T., Yu S., Guo Z., Sanghvi Y. S. Multiple oligoribonucleotide syntheses on a reusable solid-phase CPG support via the hydroquinone-0,0'-diacetic acid (Q-linker) linker arm // Nucleic Acids Res. 1999. V. 27. P. 15 311 538.

97. Sanghvi Y. S., Guo Z., Pfundheller H. M., Converso A. Improved process for the preparation of nucleosidic phosphoramidites using a safer and cheaper activator // Org. Proc. Res Devel. 2000. V. 4. P. 175−181.

98. Eleuteri A., Capaldi D. C., Krotz A. H., Cole D. L., Ravikumar V. T. Pyridinium trifluoroacetate/N-methylimidazole as an efficient activator for oligonucleotide synthesis via the phosphoramidite method // Org. Proc. Res Devel. 2000. V. 4. P. 182−189.

99. Tang J. -Y., Han Y., Tang J. X., Zhang Z. Large-scale synthesis of olgpnucleotide phosphorothioates using 3-amino-l, 2,4-dithiazole-5-thione as an efficient sulfur-transfer reagent // Org. Proc. Res Devel. 2000. V. 4. P. 194−198.

100. Krotz A. H., Carty R. L., Scozzari A. N., Cole D. L., Ravicumar V. T. Large-scale synthesis of antisense oligonucleotides without chlorinated solvents // Org. Proc. Res. Devel. 2000. V. 4. P. 190−193.

101. Deshmukh R. R., Miller J. E., De Leon P., Leitch W. E. II., Cole D. L., Sanghvi Y. S. Process development for purification of theurapeutic antisense oligonucleotides by anion-exchange chromatography // Org. Proc. Res. Devel. 2000. V. 4. P. 205−213.

102. Shanagar J. Purification of a synthetic oligonucleotides by anion exchange chromatography: method optimization and scale-up // J. Biochem. Biophys. Methods. 2005. V. 64. P. 216−225.

103. Wolfrum C., Josten A., Bauer G., Gotz P. Large-scale purification of oligonucleotides by extraction and precipitation with butanol // Biotechnol. Bioengin. 2005. V. 89. P. 551−555.

104. Bonora G. M., Scremin C. L., Colonna F. P., Garbesi A. HELP (High Efficiency Liquid Phase) new oligonucleotide synthesis on soluble polymeric support // Nucleic Acids Res. 1990. V. 18. P. 3155−3159.

105. Bonora G. M., Biancotto G., Maffini M., Scremin C. L. Large scale, liquid phase synthesis of olgonucleotides by the phosphoramidite approach // Nucleic Acids Res. 1993. V. 21. P. 1213−1217.

106. Bagno A., Bicciato S., Di Bello C., Bonora G. M. Automation of the liquidphase synthesis of biopolymers // J. Chem. Technol. Biotechnol. 1998. V. 71. P. 77−83.

107. Bonora G. M., Ivanova E., Zarytova V., Burcovich B., Veronese F. M. Synthesis and characterization of high-molecular mass polyethylene glycol-conjucated oligonucleotides // Bioconjug. Chem., 1997. V. 8. P. 793−797.

108. Bonora G. M., Zaramella S., Veronese F. M. Synthesis by High-Efficiency Liquid-Phase (HELP) method of oligonucleotides conjugated with high-molecular weight polyethylene glycols (PEGs) // Biolog. Proc. Online. 1998. V. 1. P. 59−69.

109. Jaschke A., Furste J. P., Nordhoff E., Hillenkamp F., Cech D., Erdman V. A. Synthesis and properties of oligodeoxyribonucleotides-polyethylene glycol conjugates //Nucleic Acids Res. 1994. V. 22. P. 4810−4817.

110. Bonora G. M. Large-scale preparation of conjugated oligonucleoside phosphorotioates by the high-efficiency liquid-phase (HELP) method // Curr. Protoc. Nucleic Acid Chem. Sept. 2005. Suppl. 22. Un. 4. 27.

111. Bonora G. M., Rossin R., Zaramella S., Cole D. L., Eleuteri A., Ravikumar V. T. A liquid-phase process suitable for large-scale synthesis of phosphorothioate oligonucleotides // Org. Proc. Res. Devel. 2000. V. 4. P. 225−231.

112. Pon R. T., Yu S. Tandem oligonucleotide synthesis using linker phosphoramidites //Nucleic Acids Res. 2005. V. 33. P. 1940−1948.

113. Fodor S. P. DNA sequencing: massively parallel genomics // Science. 1997. V. 277. P. 393−395.

114. Gao X. L., Gulari E., Zhou X. C. In situ synthesis of oligonucleotide microarrays // Biopolymers. 2004. V. 73. P. 579−596.

115. Mueller S., Coleman J. R., Wimmer E. Putting synthesis into biology: a viral view of genetic engineering through de novo gene and genome synthesis // Chem. Biol. 2009. V. 16. P. 337−347.

116. Kong D. S., Carr P. A., Chen L., Zhang S. G., Jacobson J. M. Parallel gene synthesis in microfluidic device // Nucleic Acids Res. 2007. V. 35. e61.

117. Huang Y. Y., Castrataro P., Lee C. -C., Quaqe S. P. Solvent resistant microfluidic synthesizer // Lab. Chip. 2007. V. 7. P. 24−26.

118. Huang M. C., Ye H., Kuan Y. K., Li M. H., Ying J. Y. Integrayed two-step gene synthesis in microfluidic device // Lab. Chip. 2009. V. 9. P. 276−285.

119. Lee C. -C., Snyder T. M., Quaqe S. R. A microfluidic oligonucleotide synthesizer // Nucleic Acids Res. 2010. V. 38. P. 2514−2531.

120. Holoubek V., Fanshier L., Crocher T. T. The inhibition of nuclear RNA synthesis by added RNA // Exptl. Cell Res. 1962. V. 44. P. 362−374.

121. Niu M. C., Niu L. C., Guha A. The entrance of exogenous RNA into the mouse ascites cell // Proc. Soc. Exptl. Biol. Med. 1968. V. 128, P. 550−555.

122. Pitha J., Pitha P. M, Stuart E. Vinyl analogues of polynucleotides // Biochemistry. 1971. V. 10, P. 4595−4602.

123. Couling G. J., Jones A. S., Walker R. T. Polynucleotide analogue inhibition of messenger-stimulated transfer RNA binding to ribosomes // Biochim. Biophys. Acta. 1971. V. 254. P. 452−456.

124. Jones A. S. Synthetic analogues of nucleic acids // Int. J. Biol. Macromol. 1979. V. l.P. 194−207.

125. Nielsen P. E., Egholm M. An introduction to peptide nucleic acid // Curr. Iss. Mol. Biol. 1999. V. 1. P. 89−104.

126. Summerton J., Weller D. Morpholino antisense oligomers: design, preparation and properties // Antisense Nucleic Acids Drug Dev. 1997. V. 7. 187−195.

127. Summerton J. Morpholino antisense oligomers: the case for an RNase H-independent structural type //Biochim. Biophys. Acta. 1999. V. 1489. 141−158.

128. Gryaznov S. M. Oligonucleotide N3'-> P5' phosphoramidates as potential theurapeutic agents //Biochim. Biophys. Acta. 1999. V. 1489. 131−140.

129. Petersen M., Wengel J. LNA: a versatile tool for therapeutics and genomics // Trends Biotechnol. 2003. V. 21. C. 74−81.

130. Micklefield J. Backbone modification of nucleic acids: synthesis, structure and therapeutic applications // Curr. Med. Chem. 2001. V. 8. 1157−1179.

131. Gallo M., Montserrat J. M., Iribarren A. M. Design and application of modified oligonucleotides // Braz. J. Med. Biol. Res. 2003. V. 36. P. 143−151.

132. Jarald E., Edwin S., Dubey P., Tiwari A. A., Thakre V. Nucleic acids drugs: a novel approach // African J. Biotechnol. 2004. V. 3. P. 662−666.

133. Sasaki S., Nagatsugi F. Application of unnatural oligonucleotides to chemical- modification of gene expression // Curr. Opin. Chem. Biol. 2006. V. 10. P. 615 621.

134. Orgel L. E. Prebiotic chemistry and the origin of the RNA world // Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 2004. V. 39. 99−123.

135. Zhang L., Peritz A., Meggers E. A simple glycol nucleic acid // J. Amer. Chem. Soc. 2005. V. 127. 4174−4175.

136. Schlegel M. K, Peritz A. E., Kittigowittana K., Zhang L., Meggers E. Duplex formation of the simplified nucleic acid GNA // ChemBioChem. 2007. V. 8. 927 932.

137. Ura Y., Beierle J. M., Leman L. J., Orgel L. E., Ghadiri M.R. Self-assembling sequence-adaptive peptide nucleic acids // Science. 2009. V. 325. 73−77.

138. Appella D. H. Non-natural nucleic acids for synthetic biology // Curr. Opin. Chem. Biol. 2009. V. 13. 687−696.

139. Mukaiyama T. Die Oxidations-reductions-kondensation // Angew. Chem. 1976. V. 88. P. 111−120.

140. Мишенина Г. Ф., Самуков В. В., Шубина Т. Н. Селективная модификация монозамещённых фосфатных групп в 5'-моно- и полифосфатах нуклеозидов и олигонуклеотидов // Биоорг. химия. 1979. Т. 5. С. 886−894.

141. Vlassov V. V. Reactive derivatives of oligonucleotides // Antisense research and application / Crooke S. T., Lebleu В., Eds. Boca Raton, Florida, USA: CRC Press, Inc. 1993. P. 235−250.

142. Knorre D. G., Vlassov V.V., Zarytova V.F., Lebedev A.V., Fedorova O.S. Design and targeted reactions of oligonucleotide derivatives / Boca Raton, Florida, USA: CRC Press Inc. 1994. P. 235−250.

143. Кнорре Д. Г. Ген-направленные биологически активные вещества (антисмысловые олигонуклеотиды) и их производные // Биоорг. Химия. 1997. Т. 23. С. 3−17.

144. Helene С., Toulme J. -J. Specific regulation of gene expression by antisense, sense and antigene nucleic acids // Biochim. Biophys. Acta. 1990. V. 1049. P. 99 125.

145. Uhlman E., Peyman A. Antisence oligonucleotides: a new therapeutic principle // Chem. Rev. 1990. V. 90. P. 543−584.

146. Sproat B. S. Chemistry and application of oligonucleotide analgues // J. Biotechnol. 1995. V. 41. 221−238.

147. Schena M., Shalon D., Davis R. W., Brown P. O. Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray // Science. 1995. V. 270. P. 467−470.

148. Chee M., Yang R., Hubbell E., Berno A., Huang X. C., Stern D., Winkler J., Lockhart D. J., Morris M. S., Fodor S. P. A. Accessing genetic information with high-dencity DNA arrays // Science. 1996. V. 274. P. 610−614.

149. Thelwell N., Millington S., Solinas A., Booth J., Brown T. Mode of action and application of scorpion primers to mutation detection // Nucleic Acids Res. 2000. V. 28. P. 3752−3761.

150. Whitcombe D., Theaker J., Guy S. P., Brown T., Little S. Detection of PCR products using self-probing amplicons and fluorescence // Nature Biotechnol. 1999. V. 17.P. 804−807.

151. Tyagi S., Kramer F. R. Molecular beacons: probes that fluoresce upon hybridisation//Nature Biotechnol. 1996. V. 14. P. 303−308.

152. Зубин E. M., Романова E. А., Орецкая Т. С. Современные методы синтеза олигонуклеотидопептидов // Успехи химии. 2002. Т. 71. С. 273−302.

153. De Rosa G., La Rotonda M. I. Nano and microtechnologies for delivery of oligonucleotides with gene silencing properties // Molecules. 2009. V. 14. 28 012 823.

154. Alam M. R., Ming X., Dixit V., Fisher M., Chen X., Juliano R. L. The biological effect of an antisense oligonucleotide depends on its route of endocytosis and trafficking // Oligonucleotides. 2010. V. 20. P. 103−109.

155. Годовикова Т. С., Зарытова В. Ф., Мальцева Т. В., Халимская JI. М. Активные производные олигонуклеотидов с цвиттер-ионной концевой фосфатной группой для конструирования аффинных реагентов и зондов // Биоорг. химия. 1989. Т. 15. С. 1246−1252.

156. Benimetskaya L. Z., Bulychev N. V., Kozionov A. L., Koshkin A. A., Lebedev A. V., Novozhilov S. Yu., Stockman M. I. Site-specific laser modification (cleavage) of oligodeoxyribonucleotides // Biopolymers. 1989. V. 28. P. 11 291 147.

157. Денисов А. Ю., Пышный Д. В., Иванова Е. М. Природа стабилизации тандемного ДНК-дуплекса pTGGAGCTG (pCAGC+(Phn-NH-(CH2)3-NH)pTCCA) по данным УФ-, КД- и двумерной ЯМР-спектроскопии // Биоорг. химия. 2000. Т. 26. С. 369−372.

158. Годовикова Т. С., Алексеев П. В., Кнорре Д. Г. Новое фосфорилирующее производное олигодезоксирибонуклеотидов // Докл. АН. 1997. Т. 357. С. 259 262.

159. Ивановская M. Г., Готтих M. Б., Шабарова 3. А. Активные эфиры олигонуклеотидов новый тип фосфорилирующих агентов в водной среде // Докл. АН СССР. 1987. Т. 293. С. 477−481.

160. Каневский И. Э. Кузнецова С. А. Получение реакционноспособных производных нуклеиновых кислот и их использование для исследования структуры и функций биополимеров // Успехи химии. 1998. Т. 67. С. 688−704.

161. Verbeure В., Lacey C. J., Rozenski J., Herdewijn P. Synthesis and cleavage experiments of oligonucleotide conjugates with di-imidazole derived catalytic center // Bioconjug. Chem. 2002. V. 13. P. 333−350.

162. Pons В., Kotera M., Zuber G., Behr J. -P. Online synthesis of diblock cationic oligonucleotides for enhanced hybridization to their complementary sequence // ChemBioChem. 2006. V. 7. P. 1173−1176.

163. Polushin N. N. The precursor strategy: terminus methoxyoxalamido modifiers for single and multiple fiinctionalization of oligodeoxyribonucleotides // Nucleic Acids Res. 2000. V. 28. P. 3125−3133.

164. Zatsepin T. S., Oretskaya T. S. Synthesis and application of oligonucleotide-carbohydrate conjugates // Chem. Biodiv. 2004. V. 1. P. 1401−1417.

165. Zhu L., Ye Z., Cheng K., Miller D. D., Mahato R. L. Site-specific delivery of oligonucleotides to hepatocytes after systemic administration // Biogonjugate Chem. 2008. V. 19. P. 290−298.

166. Adinolfi M., De Napoli L., Di Fabio G., Iadonishi A., Montesarchio D. Modulating the activity of oligonucleotides by carbohydrate conjugation: solid phase synthesis of sucrose-oligonucleotide hybrids // Org. Biomol. Chem 2004. V. 2. P. 1879−1886.

167. Iglina A. A., Meschaninova M. I., Venyaminova A. G. 5'-Lipophilic conjugates of oligonucleotides as components of cell delivery system // Nucleic Acids Symp. Ser. 2009. V. 53. P. 121−122.

168. Polushin N. N., Cohen J. S. Antisense pro-drugs: 5-'ester oligodeoxynucleotides //Nucleic Acids Res. 1994. V. 22. P. 5492−5496.

169. Hansen M., Kilk K., Langel U. Predicting cell-penetrating peptides // Adv. Drag Delivery Rev. 2008. V. 60. P. 572−579.

170. Vives E., Schmidt J., Pelegrin A. Cell-penetrating and cell targeting peptides in drug delivery // Biochim. Biophys. Acta. 2008. V. 1786. P. 126−138.

171. Tang C. -H., Stein S. Preparation and applications of peptide-oligonucleotide conjugates // Bioconjug. Chem. 2000. V. 11. P. 605−618.

172. Singh Y., Spinelli N., Defrancq E. Chemical strategies for oligonucleotide-conjugate synthesis // Curr. Org. Chem. 2008. V. V. P. 263−290.

173. Robles J., Pedroso E., Grandas A. Solid-phase synthesis of a nucleopeptide from the linking site of adenovirus-2 nucleoprotein, -Ser (p5'CATCAT)-Gly-Asp~. Convergent versus stepwise strategy // Nucleic Acids Res. 1995. V. 23. P. 41 514 161.

174. Robles J., Maseda M., Beltran M., Concernau M., Pedroso E., Grandas A. synthesis and enzymatic stability of phosphodiester-linked peptide-oligonucleotide hybrids // Bioconjug. Chem. 1997. V. 8. P. 785−788.

175. Betran M., Maseda M., Perez Y., Robles J., Pedroso E., Grandas A. Stepwise solid-phase synthesis of serine-, tyrosine- and homoserine-nucleopeptides // Nucleosides Nucleotides. 1997. V. 16. P. 1487−1488.

176. Frieden M., Avino A., Tarasson G., Escorihuela M., Piulats J., Eritja R. Synthesis of oligonucleotide-peptide conjugates carrying the c-myc peptide epitope as recognition system // Chem. Biodiv. 2004. V. 1. P. 930−938.

177. Terenzi S., Biala E., Nguyen-Trung N. Q., Strazewski P. Amphiphilic 3'-peptidyl-RNA conjugates // Angew. Chem. Int. Ed. 2003. V. 42. P. 2909−2912.

178. Antopolsky M., Azhayev A. Stepwise solid-phase synthesis of peptide-oligonucleotide conjugates on new solid support // Helv. Chim. Acta. 1999. V. 82. P. 2130−2140.

179. Basu S., Wickstrom E. Solid phase synthesis of a D-peptide-phosphorothioate oligonucleotide conjugate from two arms of a polyethylene glycol-polystyrene support // Tetrahedron Lett. 1995. V. 36. P. 4943−4946.

180. Winkler J., Urban E., Noe C. R. Oligonucleotide conjugated to short lysine chains // Bioconjug. Chem. 2005. V. 16. P. 1038−1044.

181. Antopolsky M., Azhayev A. Stepwise solid-phase synthesis of peptide-oligonucleotide phosphorothioate conjugates employing Fmoc peptide chemistry // Tetrahedron Lett. 2000. V. 41. P. 9113−9117.

182. Marchan V., Rodriges-Tanty C., Estrada M., Pedroso E., Grandas A. Alternative procedures for the synthesis of methionine-containing peptide-oligonucleotide hybrids // Eur. J. Org. Chem. 2000. V. 2000. P. 2495−2500.

183. Zaramella S., Yeheskiely E., Stromberg R. A method for solid-phase synthesis of oligonucleotide 5'-peptide-conjugates using acid-labile a-amino protections // J. Amer. Chem. Soc. 2004. V. 126. 14 029−14 035.

184. Ocampo S. M., Albericio F., Fernandez I., Vilaseca M., Eritja R. A straitforward synthesis of 5'-peptide oligonucleotide conjugates using Na-Fmoc-protected amino acids // Org. Lett. 2005. V. 7. P. 4349−4352.

185. Bergman F., Bannwarth W. Solid phase synthesis of directly linked peptide oligonucleotide hybrids using standard synthesis protocols // Tetrahedron Lett. 1995. V. 36. P. 1839−1842.

186. Kuwahara M., Takahata Y., Shoji A., Ozaki A. N., Ozaki H., Sawai H. Substrate properties of C5-substituted pyrimidine 2'-deoxynucleoside 5'-triphosphates for termostable DNA polymerases during PCR // Bioorg. Med. Chem. Lett. 2003. V. 13. P. 3735−3738.

187. Wang J., Wang Y. Chemical synthesis of oligodeoxyribonucleosides containing N3- and 04-carboxymethylthymidine and their formation on DNA // Nucleic Acids Res. 2009. V. 37. P. 336−345.

188. Gao K., Orgel L. E. A convenient synthesis of a novel nucleoside analogue: 4-(a-diformyl-methyl)-1 -(P-D-ribofuranosyl)-2-pyrimidinone // Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids. 2000. V. 19. P. 935−940.

189. Khalimskaya L. M., Levina A. S., Zarytova V. F. Sequence-specific modification of DNA fragments by oligonucleotide derivatives containing alkylating groups at the C5 position of deoxyuridine // Bioorg. Med. Chem. Lett. 1994. V. 4. P. 1083−1088.

190. Flanagan W. M, Wolf J. J., Olson P., Grant D., Lin K. Y, Wagner R. W., Matteucci M. D. A cytosine analog that confers enhanced potency to antisense oligonucleotides // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999. V. 96. P. 3513−3518.

191. Freier S. M., Altmann K. -H. The ups and downs of nucleic acid duplex stability: structure-stability studies on chemically-modified DNA: RNA duplexes // Nucleic Acids Res. 1997. V. 25. P. 4429−4443.

192. Leconte A. M., Hwang G. T., Matsuda S., Capek P., Hari Y., Romesberg F. E. Discovery, characterization, and optimization of a unnatural base pair for expansion of the genetic alphabet // J. Am. Chem. Soc. 2008. V. 130. P. 23 362 343.

193. Ryabinin V. A., Boutorine A. S., Helene C., Pyshnyi D. V., Sinyakov A. N. Oligonucleotide-minor groove binder conjugates and their stability of duplexes // Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids. 2004. V. 23. P. 789−803.

194. De Clerk E. Antiviral drugs in current clinical use // J. Clin. Vir. 2004. V. 30. P. 115−133.

195. Lebedev A. V. Enzymatic activity of selected nucleoside 5'-triphosphates and their analogs // Nucleic acid based products and services. TriLink Biotechnologies catalog. 2007. P. 141−146.

196. Prakash T. P., Barawkar D. A., Kumar V. A., Ganesh K. N. Synthesis of site-specific oligonucleotide-polyamine conjugates // Bioorg. Med. Chem. Lett. 1994. V. 4. P. 1733−1738.

197. Le Brun S., Duchange N., Namane A., Zakin M. M., Huynh-dinh T., Igolen J. Simple chemical synthesis and hybridization properties of nonradiactive DNA probes // Biochimie. 1989. V. 71. P. 319−324.

198. Ruth J. L. Oligonucleotides with reporter groups attached to the base // Oligonucleotides and analogs. A practical approach. / Eckstein F., Ed. Oxford, New York- Tokyo: IRL Press. 1991. P. 255−282.

199. Draper D. E. Attachment of reporter groups to specific selected cytidine residues in RNA using a bisulfite catalyzed transamination // Nucleic Acids Res. V. 12. P. 989−1002.

200. Doronin S. V., Dobrikov M. I., Lavrik O. I. Photoaffinity labeling of DNA polymerase a DNA primase complex based on the catalytic competence of a dNTP reactive analog // FEBS Lett. 1992. V. 313. P. 31−33.

201. Horn T., Urdea M. S., Forks and combs and DNA: the synthesis of branched oligodeoxyribonucleotides //Nucleic Acids Res. 1989. V. 17. P. 6959−6967.

202. MacMillan A. M., Verdine G. L. Synthesis of functionally tethered oligodeoxynucleotides by the convertible nucleoside approach // J. Org. Chem. 1990. V. 55. P. 5931−5933.

203. Macmillan A. V., Verdine G. L. Engineering tethered DNA molecules by the convertible nucleoside approach // Tetrahedron. 1991. V. 47. P. 2603−2616.

204. Roget A., Bazin H., Teoule R. Synthesis and use of labeled nucleoside phosphoramidite building blocks bearing a reporter group: biotinyl, dinitrophenyl, pyrenyl and dansyl //Nucleic Acids Res. 1989. V. 17. P. 7643−7651.

205. McBridge L. J., Kierzek R., Beaucage S. L., Caruthers M. H. Amidine protecting groups for oligonucleotide synthesis // J. Am. Chem. Soc. 1986. V. 108. P. 2040−2048.

206. Hovinen J. A simple synthesis of 7V4-(6-aminohexyl)-2'-deoxy-5'-0-(4,4'-dimethoxytrityl)cytidine // Nucleosides Nucleotides. 1998. V. 17. P. 1209−1213.

207. Herdewijn P. Heterocyclic modifications of oligonucleotides and antisense technology // Antisense Nucleic Acids Drug Dev. 2000. V. 10. P. 297−310.

208. Roychowdhury A., Illangkoon H., Hendrikson C. L., Benner S. A. 2'-Deoxycytidines carrying amino and thiol functionality: synthesis and incorporation by Vent (Exo-)polymerase // Org. Lett. 2004. V. 6. P. 489−492.

209. Langer P. R., Waldrop A. A., Ward D. C. Enzymatic synthesis of biotinlabeled polynucleotides: novel nucleic acid affinity probes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1981. V. 78. P. 6633−6637.

210. Dreyer G. B., Dervan P. B. Sequence-specific cleavage of single-stranded DNA: oligodeoxynucleotide-EDTA Fe (II) // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1985. P. 968−972.

211. Strobel O. K., Bobst E. V., Bobst A. M. Nick translation of X phage DNA with deoxycytidine analog spin labeled in the 5 position // Arch. Biochem. Biophys. 1989. V. 273. P. 597−601.

212. Bergstrom D. E., Ruth J. L. Synthesis of C-5 substituted pyrimidine nucleosides via organopalladium intermediates // J. Am. Chem. Soc. 1976. V. 98. P. 1587−1589.

213. Gibson K. J., Benkovic S. J. Syntheis and application of derivatizable oligonucleotides //Nucleic Acids Res. 1987. V. 15. P. 6455−6467.

214. Fischhaber P. L., Reese A. W., Nguen T., Kirshner J. J., Hustedt E. J., Robinson B. H., Hopkins P. B. Synthesis of duplex DNA containing a spin labeled analog of 2'-deoxycytidine //Nucleotisides Nucleotides. 1997. V. 16. P. 365−377.

215. Hashimoto H., Nelson M. G., Switzer C. Zwitterionic DNA // J. Am. Chem. Soc. 1993. V. 115. P. 7128−7134.

216. Hardwidge P. R., Lee D. -K., Prakash T. P., Iglesias B., Den R. B., Switzer C., Maher L. J. DNA bending by asymmetrically tethered cations: influence of tether flexibility // Chem. Biol. 2001. V. 8. P. 967−980.

217. Trevisiol E., Defrancq E., Lhomme J., Laayoun A., Cros P. Synthesis of nucleoside triphosphates that contain an aminooxy function for «Post-amplification labeling» // Eur. J. Org. Chem. 2000. V. 2000. P. 211−217.

218. Matulic-Adamic J., Daniher A. T., Karpeisky A., Haeberli P., Sweedler D., Beigelman L. Functionalized nucleoside 5'-triphosphates for in vitro selection of new catalytic ribonucleic acids // Bioorg. Med. Chem. Lett. 2000. V. 10. P. 12 991 302.

219. Inoue H., Imura A., Ohtsuka E. Synthesis and hybridization of dodecadeoxyribonucleotides containing a fluorescent pyridopyrimidine deoxynucleoside // Nucleic Acids Res. 1985. V. 13. P. 7119−7128.

220. Lin K. -Y., Jones R. J., Matteucci M. D. Tricyclic 2'-deoxycytidine analogs: synthesis and incorporation into oligodeoxynucleotides which have enhanced binding to complementary RNA // J. Am. Chem. Soc. 1995. V. 117. P. 3873−3874.

221. Lin K. -Y., Matteucci M. D. A cytosine analogue capable of clamp-like binding to a guanine in helical nucleic acids // J. Am. Chem. Soc. 1998. V. 120. P. 8531−8532.

222. Bergstrom D. E., Inoue H., Reddy P. A. Pyrido2,3-d. pyrimidine nucleosides. Synthesis via cyclization of 5-substituted cytidines // J. Org. Chem. 1982. V. 47. P. 2174−2178.

223. Wilson J. N., Kool E. T. Fluorescent DNA base replacements: reporters and sensors for biological systems // Org. Biol. Chem. 2006. V. 4. P. 4265−4274.

224. Asseline U. Development and applications of fluorescent oligonucleotides // Curr. Org. Chem. 2006. V. 10. P. 491−518.

225. Gutierrez A. J., Terhorst T. J., Matteucci M. D., Froehler B. C. 5-Heteroaryl-2'-deoxyuridine analogs. Synthesis and incorporation into high-affinity oligonucleotides // J. Am. Chem. Soc. 1994. V. 116. P. 5540−5544.

226. Sawai H., Nakamura A., Sekiguchi S., Yumoto K., Endoh M., Ozaki H. Efficient synthesis of new 5-substituted uracil nucleosides for linker arm incorporation // J. Chem. Soc. Chem. Commun. 1994. P. 1997−1998.

227. Liu J., Verdine G. L. Synthesis of photoactive DNA: incorporation of 8-bromo-2'-deoxyadenosine into synthetic oligodeoxynucleotides // Tetrahedron Lett. 1992. V. 33. P. 4265−4268.

228. Holmes R. E., Robins R. K. Purine nucleosides. IX. The synthesis of 9-(3-D-ribofuranosyl uric acid and other related 8-substituted purine ribonucleosides // J. Am. Chem. Soc. 1965. V. 87. P. 1772−1776.

229. Garcia R. G., Ferrer E., Macias M. J., Eritja R., Orozco M. Theoretical calculations, synthesis and base pairing properties of oligonucleotides containing8. amino-2'-deoxyadenosine //Nucleic Acids Res. 1999. V. 27. P. 1991−1998.

230. Bodepudi V., Shibutani S., Johnson F. Synthesis of 2'-deoxy-7,8-dihydro-8-oxoguanosine and 2'-deoxy-7,8-dihydro-8-oxoadenosine and their incorporation onto oligomeric DNA // Chem. Res. Toxicol. 1992. V. 5. P. 608−617.

231. Hayashi M. Roles of oxidative stress in Xeroderma Pigmentosum // Advances in experimental medicine and biology. V. 637. Molecular mechanisms of Xeroderma Pigmentosum / Ahmad S. I., Hanaoka F., Eds. New York: Springer. 2008. P. 120−127.

232. Wu L. L., Chiou C. -C., Chang P. -Y., Wu J. T. Urinary 8-OHdG: a marker of oxidative stress to DNA and a risk factor for cancer, atherosclerosis and diabetics // Clin. Chim. Acta. 2004. V. 339. P. 1−9.

233. Жарков Д. О. Структура и конформационная динамика гликозилаз эксцизионной репарации оснований ДНК // Мол. биология. 2007. Т. 41. С. 772−786.

234. Petrie С. R., Adams A. D., Stamm М., VanNess J., Watanabe S. M., Meyer R. В., Jr. A novel biotinylated adenylate analog derived from pyrazolo3,4-d. pyrimidine for labeling DNA probes // Bioconjug. Chem. 1991. V. 2. P. 441 446.

235. Barends J., van der Linden J. В., van Delft F. L., Koomen G. -J. Palladiun-catalyzed amination of 6-chloropurine. Synthesis of-substituted adenosine analogues //Nucleosides Nucleotides. 1999. V. 18. P. 2121−2126.

236. Gmeiner W. H., Luo W. Pon R. Т., Lown J. W. Development of an efficient oligonucleotide derivatization protocol // Bioorg. Med. Chem. Lett. 1991. V. 1. P. 487−490.

237. Czernecki S., Viswanadham G., Valery J. M. Synthesis of amide linked nucleosides at the 6 position of deoxyinosine and their application to DNA synthesis, hybridization studies // Nucleosides Nucleotides. 1998. V. 17. P. 20 872 091.

238. Acedo M., Fabrega C., Avino A., Goodman M., Fagan P., Wemmer D., Eritja R. A simple method for N-15 labelling of exocyclic amino groups in synthetic olideoxynucleotides //Nucleic Acids Res. 1994. V. 22. P. 2982−2989.

239. Kim S. J., Stone M. P., Harris С. M., Harris Т. M. A postoligomerization synthesis of oligodeoxynucleotides containing polycyclic aromatic hydrocarbon adducts at the N6 position of deoxyadenosine // J. Am. Chem. Soc. 1992. V. 114. P. 5480−5481.

240. Larson C. J., Verdine G. L. A high-capacity column for affinity purification of sequence-specific DNA-binding proteins // Nucleic Acids Res. 1992. V. 20. P. 3525.

241. Samano V., Miles R. W., Robins M. J. Efficient conversion of 6-aminopurines and nucleosides into 6-substituted analogues via novel 6-(1,2,4-triazol-4-yl)purine derivatives // J. Am. Chem. Soc 1994. V. 116. P. 9331−9332.

242. Godzina P., Adrych-Rozek K., Markiewicz W. T. Synthetic oligonucleotide combinatorial libraries. 3. Synthesis of poliaminonucleosides // Nucleosides Nucleotides. 1999. V. 18. P. 2397−2414.

243. Boryski J., Ueda T. A new simple synthesis of N-2-methylguanosine and its analogues via derivatives of 4-desmethylwyosine (nucleosides and nucleotides. Part 63) // Nucleosides Nucleotides. 1985. V. 4. P. 595−606.

244. Kasai H., Goto M., Ikeda K., Zama M., Mizuno Y., Takemura S., Matsuura S., Sugimoto T., Goto T. Structure of Wye (Yt base) and wyosine (Yt) from Torulopsis utilis phenylalanine transfer ribonucleic acid // Biochemistry. 1976. V. 15. P. 898−904.

245. Casale R., McLaughlin L. W. Synthesis and properties of an oligodeoxyribonucleotide containing a polycyclic aromatic hydrocarbon site specifically bound to the N2 amino group of a 2'-deoxyguanosine residue // J. Am. Chem. Soc. 1990. V. 112. 5264−5271.

246. Hobbs F. W., Jr. Palladium-catalyzed synthesis of alkynylamino nucleosides. A universal linker for nucleic acids // J. Org. Chem. 1989. V. 54. P. 3420−3422.

247. Cocuzza A. J. Total synthesis of 7-iodo-2', 3'-dideoxy-7-deazapurine nucleosides, key intermediates in the preparation of reagents for the automated sequencing of DNA // Tetrahedron Lett. 1988. V. 29. P. 4061−4064.

248. Seela F., Zulauf M. Incorporation of 2'-deoxysangivamycin in DNA duplexes: the conversion of a pyrrolo2,3-d. pyrimidine nitrile to a carboxamide upon oligonucleotide deprotection // Nucleosides Nucleotides. 1999. V. 18. P. 2697−2709.

249. Seela F., Zulauf M., Chen S. -F. Pyrrolo2,3-d. pyrimidine nucleosides: synthesis and antitumor activity of 7-substituted 7-deaza-2'-deoxyadenosines // Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids. 2000. V. 19. P. 237−251.

250. Seela F., Ramzarva N., Zulauf M. Duplex stability of oligonucleotides containing 7-substituted 7-deaza- and 8-aza-7-deazapurine nucleosides // Nucleosides Nucleotides. 1997. V. 16. P. 963−966.

251. Verma S., Eckstein F. Modified oligonucleotides: synthesis and strategy for users // Annu. Rev. Biochem. 1998. V. 67. P. 99−134.

252. Loakes D., Brown D. M., Linde S., Hill F. 3-Nitropyrrole and 5-nitroindole as universal bases in primers for DNA sequencing and PCR // Nucleic Acids Res. 1995. V. 23. P. 2361−2366.

253. Bergstrom D. E., Zhang P., Toma P. H., Andrews P. C., Nichols R. Synthesis, structure, and deoxyribonucleic acid sequencing with a universal nucleoside: l-(2'-deoxy-P-D-ribofuranosyl)-3-nitropyrrole // J. Am. Chem. Soc. 1995. V. 117. P. 1201−1209.

254. Loakes D., Brown D. M. 5-Nitroindole as an universal base analogue // Nucleic Acids Res. 1994. V. 22. P. 4039−4043.

255. Sala M., Pezo V., Pochet S., Wain-Hobson S. Ambiguous base pairing of the purine analogue l-(2-deoxy-(3-D-ribofuranosyl)-imidazole-4-carboxamide during PCR//Nucleic Acids Res. 1996. V. 24. P. 3302−3306.

256. Yang Z., Sismour A. M., Sheng P., Puskar N. L., Benner S. A. Enzymatic incorporation of a third nucleobase pair // Nucleic Acids Res. 2007. V. 35. P. 4238−4249.

257. Yang Z., Hutter D., Sheng P., Sismour A. M., Benner S. A. Artificially expanded genetic information system: a new base pair with an alternative hydrogen bonding pattern //Nucleic Acids Res. 2006. V. 34. P. 6095−6101.

258. Malyshev D. A., Seo Y. J., Ordoukhanian P., Romesberg F. E. PCR with an expanded genetic alphabet // J. Am. Chem. Soc. 2009. V. 131. P. 14 620−14 621.

259. Seo Y. J., Hwang G. T., Ordoukhanian P., Romesberg F. E. Optimization of an unnatural base pair toward natural-like replication // J. Am. Chem. Soc. 2009. V. 131. P. 3246−3252.

260. Reese C. B., Yan H. Solution phase synthesis of ISIS 2922 (Vitravene) by modified H-phosphonate approach // J. Chem. Soc. Perkin Trans. 1. 2002. P. 26 192 633.

261. Beaucage S. L., Iyer R. P. The synthesis of modified oligonucleotides by the phosphoramidite approach and their applications // Tetrahedron. 1993. V. 49. P. 6123−6194.

262. Stawinski J., Kraszewski A. How to get the most out of two phosphorus chemistries. Studies on H-phosphonates // Acc. Chem. Res. 2002. V. 35. P. 952 960.

263. Lu Y. Recent advances in the stereocontrolled synthesis of antisense phosphorothioates // Mini-Rev. Med. Chem. 2008. V. 6. 319−330.

264. Li P., Sergueeva Z. A., Dobrikov M., Shaw B.R. Nucleoside and oligonucleoside boranophosphates: chemistry and properties // Chem. Rev. 2007. V. 107. P. 4746−4796.

265. Wada T., Shimizu M., Oka N., Saigo K. Synthesis of dinucleoside boranophosphates by boranophosphotriester approach // Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids. 2003. V. 22. P. 1171−1173.

266. Shimizu M., Wada T., Oka N., Saigo K. J. A novel method for the synthesis of dinucleoside boranophosphates by a boranophosphotriester method // J. Org. Chem. 2004. V. 69. P. 5261−5268.

267. Shimizu M., Saigo K., Wada T. J. Solid-phase Synthesis of oligodeoxyribonucleoside boranophosphates by the boranophosphotriester method //J. Org. Chem. 2006. V. 71. P. 4262−4269.

268. Kawanaka T., Shimizu M., Shintani N., Wada T. Solid-phase synthesis of backbone-modified DNA analogs by the boranophosphotriester method using new protecting groups for nucleobases // Bioorg. Med. Chem. Lett. 2008. V. 18. P. 3783−3796.

269. Wada T., Maizuru Y., Shimizu M., Oka N., Saigo K. Stereoselective synthesis of dinucleoside boranophosphates by an oxazaphospholidine method // Bioorg. Med. Chem. Lett. 2006. V. 16. P. 3111−3114.

270. Iwamoto N., Oka N., Wada T. Stereocontrolled synthesis of oligodeoxyribonucleoside boranophosphates via stereodefmed H-phosphonate intermediates //Nucleic Acids Symp. Ser. 2009. V. 53. P. 9−10.

271. Efimov V. A., Choob M. V., Kalinkina A. L., Chakhmakhcheva O. G. Synthesis of novel DNA analogues containing aminomethylphosphonate internucleoside linkages//Nucleosides Nucleotides. 1997. V. 16. P. 1475−1480.

272. Tocik Z., Bravik I., Jr., Budesinsky M., Rosenberg I. Novel isosteric, isopolar phosphonate analogs of oligonucleotides: preparation and properties // Biopolymers. 2006. V. 83. P. 400−413.

273. Кочеткова С. В., Варижук А. М., Колганова Н. А., Тимофеев Э. Н., Флорентьев В. JI. Синтез З'-дезокси-З'-карбоксиметилнуклеозидов -предшественников олигонуклеотидов с амидной межнуклеотидной связью // Биоорг. химия. 2009. Т. 35. С. 76−83.

274. Rozners Е., Liu Y. Monomers for preparation of amide-linked RNA: asymmetric synthesis of all four nucleoside 5'-azido З'-carboxylic acids // J. Org. Chem. 2005. V. 70. C. 9841−9848.

275. Kumar V. A., Ganesh К. N. Structure-editing of nucleic acids for selective targeting of RNA // Curr. Topics Med. Chem. 2007. V. 7. 715−726.

276. Efimov V. A., Buryakova A. A., Chakhmakhcheva O. G. Synthesis of DNA analogues with novel carboxamidomethyl phosphonamide and glycinamide internucleoside linkages // Bioorg. Med. Chem. Lett. 1998. V. 8. 1013−1018.

277. Gogoi K., Gunjal A. D., Kumar V. Sugar-thioacetamide backbone in oligodeoxyribonucleosides for specific recognition of nucleic acids // Chem. Commun. 2006. P. 2373−2375.

278. Gogoi K., Gunjal A. D., Phalgune U. D., Kumar V. A. Synthesis and RNA binding selectivity of oligonucleotides modified with five-atom thioacetamido nucleic acid backbone structures // Org. Lett. 2007. V. 9, 2697−2700.

279. Gogoi K., Kumar V. A. Chimeric (a-amino acid + nucleoside-P-amino acid) n peptide oligomers show sequence specific DNA/RNA recognition // Chem. Commun. 2008. P. 706−708.

280. Swayze E. E., Bhat B. The medicinal chemistry of oligonucleotides // Antisense drug technology. Principles, strategies, and application. Second edition. / Crooke S. Т., Ed. Boca Raton, Florida, USA: CRC Press. Inc. 2007. P. 143−182.

281. Bell N. M., Micklefield J. Chemical modifications of oligonucleotides for therapeutic, bioanalytical and other applications // ChemBioChem. 2009. V. 10. P. 2691−2703.

282. Debart F., Abes S., Deglane G., Moulton H. M., Clair P., Gait M. J., Vasser

283. J. -J., Lebleu B. Chemical modifications to improve the cellular uptake ofoligonucleotides // Curr. Topics Med. Chem. 2007. V. 7. P. 727−737. ft

284. Dempcy R. O., Almarsson O., Bruice T. C. Design and synthesis of deoxynucleic guanidine: a polycation analogue of DNA // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1994. V. 91. P. 7864−7868.

285. Reddy P. M., Bruice T. Solid-phase synthesis of positively charged deoxynucleic guanidine (DNG) oligonucleotide mixed sequences // Bioorg. Med. Chem. Lett. 2003. V. 13. P. 1281−1285.

286. Challa H., Bruice T. Deoxynucleic guanidine: synthesis and incorporation of purine nucleosides into positively charged DNG oligonucleotides // Bioorg. Med. Chem. 2004.V. 12. P. 1475−1481.

287. Szabo I. E., Bruice T. C. DNG cytidine: synthesis and binding properties of octameric guanidinium-linked deoxycytidine oligomer // Bioorg. Med. Chem. 2004. V. 12. P. 4233−4244.

288. Toporowski J. W., Reddy S. Y., Bruice T. C. Comparison of positively charged DNG with DNA duplexes: a computational approach // Bioorg. Med. Chem. 2005. V. 13. P. 3691−3698.

289. Park M., Bruice T. C. Binding properties of positively charged deoxynucleic guanidine (DNG), AgTgAgTgAgT and DNG/DNA chimeras to DNA // Bioorg. Med. Chem. Lett. 2008. V. 18. P. 3488−3491.

290. Зацепин Т. С., Романова Е. А., Орецкая Т. С. Синтез Т-О-алкилнуклеозидов // Успехи химии. 2002. Т. 71. С. 586−608.

291. Prakash T. P., Pulschl A., Lesnik E., Mohan V., Tereshko V., Egli M., Manoharan M. 2'-0−2-(Guanidinium)ethyl. -modified oligonucleotides: stabilizing effect on duplex and triplex structures // Org. Lett. 2004. V. 6. P. 1071−1974.

292. Prakash T. P., Kawasaki A. M., Lesnik E. A., Owens S. R., Manoharan M. 2'-O-2-(Amino)-2-oxoethyl. oligonucleotides // Org. Lett. 2003. V. 5. P. 403−406.

293. Prakash T. P., Bhat B. 2'-Modified oligonucleotides for antisense therapeutics // Curr. Topics Med. Chem. 2007. V. 7 641−649.

294. Zatsepin T. S., Romanova E. A., Stetsenko D. A., Gait M. J., Oretskaya T. S. Synthesis of 2'-modified oligonucleotides containing aldehyde or ethylenediamine groups // Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids. 2003. V. 22. P. 1383−1385.

295. Seeman N. C. From genes to machines: DNA nanomechanical devices // Trends Biochem. Sci. 2005. V. 30. P. 119−125.

296. Zhu L., Lukeman P. S., Canary J. W., Seeman N. C. Nylon/DNA: single-stranded DNA with a covalently stitched nylon lining // J. Am. Chem. Soc. 2003. V. 125. P. 10 178−10 179.

297. Liu Y., Wang R., Ding R., Sha R., Lukeman P. S., Canary J. W., Seeman N. C. Thermodynamic analysis of Nylon nucleic acids // ChemBioChem. 2008. V. 9. P. 1641−1648.

298. Koch T., 0rum H. Locked nucleic acids // Antisense drug technology. Principles, strategies, and application. Second edition / Crooke S. T., Ed. Boca Raton, Florida, USA: CRC Press. Inc. 2007. P. 519−564.

299. Bondensgaard K., Petersen M., Singh S. K., Rajwanshi V. K., Kumar R, Wengel J., Jacobsen J. P. Structural studies of LNA: RNA duplexes by NMR: conformations and implications for RNase H activity // Chem. Eur. J. 2000. V. 6. P. 2687−2695.

300. Hari Y., Obika S., Ohnishi R., Eguchi K., Osali T., Ohishi H., Imanishi T. Synthesis and properties of 2' 0,4' -C-methyleneoxymethylene bridged nucleic acid // Bioorg. Med. Chem. 2006. V. 14. P. 1029−1038.

301. Mathe C., Perigaud C. Recent approaches in the synthesis of conformationally restricted nucleoside analogues // J. Org. Che

Заполнить форму текущей работой