Метод десорбции ДНК для молекулярных и генетических исследований с помощью лазерного излучения терагерцового диапазона

Тип работы:
Диссертация
Предмет:
Биологические науки
Страниц:
128


Узнать стоимость

Детальная информация о работе

Выдержка из работы

Актуальность работы

Для исследования молекул ДНК существует мощный арсенал методов, позволяющих характеризовать как их физико-химические, так и молекулярно-генетические свойства. Современные тенденции использования ДНК в нано- и биотехнологиях ставят задачу разработки новых методов анализа молекул ДНК как компонентов наносистем. К таким методам, позволившим получить новые знания о молекулах ДНК, относятся в частности атомно-силовая микроскопия и манипулирование единичными молекулами ДНК с помощью лазерного пинцета [Со1гуе11 С.С., й а1., 2003, Тегао К, ег а1., 2008, ЬуиЬсЬепко У.Ь., БЫуаШепко Ь.Б., 2009]. Настоящая работа посвящена разработке метода десорбции молекул ДНК с твердых подложек и из жидкой фазы с помощью терагерцового излучения. Перевод ДНК в газовую фазу позволит расширить спектр методов анализа этого биополимера. С молекулами и молекулярными ионами в газовой фазе оперируют методы масс-спектрометрии, спектроскопии, физики аэрозолей и нанотехнологии. Масс-спектрометрия для анализа ДНК используется значительно меньше, чем для анализа белков, как раз в силу сложности получения молекулярных ионов ДНК в газовой фазе. Использование терагерцового излучения для десорбции ДНК позволит переводить в газовую фазу достаточно большие фрагменты, что может расширить возможности масс-спектрометрии ДНК.

Одним из самых мощных источников терагерцового излучения является Новосибирский лазер на свободных электронах (ЛСЭ) [ваугИоу N.0. а1., 2007, БЬоп У. а1., 2008]. Характеристики Новосибирского ЛСЭ позволяют проводить уникальные эксперименты по применению терагерцового излучения в научных исследованиях, в том числе и для перевода в газовую фазу и получения молекулярных ионов ДНК.

Цель данной работы заключалась в разработке метода перевода в газовую фазу двухцепочечных молекул ДНК больших размеров (три тысячи пар оснований и более) и одноцепочечных молекул ДНК, гибридизованных с олигонуклеотидами на поверхности модельного биочипа, без нарушения их первичной структуры под действием терагерцового излучения для молекулярно-генетического анализа и экспериментов с ДНК в газовой фазе.

Для достижения цели были поставлены следующие задачи:

— модернизировать рабочую станцию (& laquo-Станция физико-химических и биологических исследований воздействия терагерцового излучения на вещества& raquo-) на Новосибирском лазере на свободных электронах для работы с молекулярно-генетическими объектами, подобрать параметры излучения и разработать методы пробоподготовки молекул ДНК для перевода в газовую фазу-

— с помощью терагерцового излучения перевести в газовую фазу молекулы ДНК плазмиды pUC18, изучить их биологические свойства стандартными методами молекулярной биологии, проверить способность к передаче наследственной информации-

— провести десорбцию ДНК с помощью терагерцового излучения, измерить с помощью диффузионного спектрометра аэрозолей размеры частиц, образуемых молекулами ДНК фагов Т7 и X, плазмиды pUC18, а также фрагментами ДНК фага 1, полученными при гидролизе ферментами Hindill и BssTll, провести анализ состава десорбированного материала с помощью атомно-силовой микроскопии-

— разработать модель ячейки биочипа на кремниевой основе, изучить возможность десорбции целевой ДНК с модельного биочипа с помощью терагерцового излучения.

Научная новизна работы

Впервые для исследования ДНК использовано терагерцовое излучение лазера на свободных электронах. Под действием терагерцового излучения впервые осуществлен перевод различных макромолекул ДНК в газовую фазу, в том числе ДНК больших размеров (три тысячи пар оснований и более). Проведённое исследование доказывает сохранение способности к передаче наследственной информации, структуры и молекулярно-генетических свойств ДНК после перевода их в газовую фазу с помощью разработанного метода. На примере плазмиды pUC18 показано сохранение структуры и молекулярно-генетических свойств ДНК, в том числе способности к трансформации клеток Е. coli и репликации своего генома. Таким образом, доказан неразрушающий характер процесса десорбции ДНК с твердых подложек под действием терагерцового излучения с длиной волны 130 мкм, показана применимость метода для десорбции одноцепочечной целевой ДНК, гибридизованной на модели биочипа.

Впервые проведены измерения размеров наночастиц, образуемых молекулами ДНК в газовой фазе. Установлена зависимость размеров наночастиц ДНК в газовой фазе от длины взятой ДНК. В диапазоне длин от 6 500 п.н. до 40 ООО п.н. получено соответствие размеров наночастиц ДНК размерам, полученным с помощью оценок конденсации и формирования глобулы ДНК современными моделями этого процесса [Хохлов А.Р., Кучанов С. И., 2000, Флори П. Д" 1971, Тейф В. Б., Ландо Д. Ю., 2001].

Перевод ДНК с помощью терагерцового излучения в газовую фазу назван методом мягкой неразрушающей абляции. Метод разработан коллективом сотрудников институтов СО РАН, в числе которых состоял и автор диссертации [Петров А.К. и др., 2005]. Открытие явления мягкой неразрушающей абляции признано достижением РАН за 2006 г.

Положения, выносимые на защиту

1. Разработан метод перевода молекул ДНК в газовую фазу с помощью терагерцового излучения с длиной волны 130 мкм без изменения их первичной структуры с сохранением способности передавать наследственную информацию. Метод применим для получения в газовой фазе ДНК больших размеров (три тысячи пар оснований и более), в виде, пригодном для молекулярно-генетических исследований, в частности масс-спектрометрии ДНК и анализа целевой ДНК, гибридизованной на биочипах.

2. Линейные молекулы ДНК в газовой фазе образуют частицы глобулярной формы, причем размеры структур зависят от длины цепи ДНК.

Разработан метод, позволяющий переводить в газовую фазу рекордно большие молекулы ДНК, вплоть до генома фага X (48 500 п.н.), что открывает широкие возможности для определения размеров и точного определения масс ДНК. Новый способ десорбции ДНК представляет интерес для разработки методов масс-спектрометрического анализа ДНК и дает возможность применения к молекулам ДНК других стандартных методов анализа в газовой фазе.

Разработанные в диссертации теоретические и методические положения, могут найти применение в исследовании фундаментальных свойств генетических макромолекул — энергетики взаимодействий ДНК-ДНК, ДНК-РНК, ДНК-белок и РНК-белок. Исследование конформационных состояний генетических макромолекул в газовой фазе позволит расширить знания о закономерностях компактизации ДНК в естественных и искусственных условиях.

На основании проведенных исследований, разработаны методические основы анализа целевых ДНК биочипов с помощью метода мягкой неразрушающей абляции. Такая задача представляет интерес с точки зрения совершенствования технологии производства биочипов. В последние годы лавинообразно возросло количество исследований с использованием методов ДНК-биочипов. Сходимость профилей экспрессии, получаемых с использованием биочипов одной направленности различных ведущих мировых производителей, составляет менее 30%. Принципиальная возможность изучать непосредственно результаты гибридизации проб и мишеней позволила бы получать достоверную информацию о продуктах гибридизации независимым способом. Однако на сегодняшний день не существует методов прямого анализа целевой ДНК, гибридизованной на отдельной ячейке биочипа. На основе явления мягкой неразрушающей абляции был разработан метод разрушения под действием терагерцовым излучением ДНК-ДНК гибридов на модельной ячейке биочипа и сбора целевой ДНК для последующего анализа.

Апробация работы

Результаты работы использованы и опубликованы в отчете по государственному контракту & laquo-Диагностика ДНК-биочипов при помощи терагерцового излучения& raquo- от 27 февраля 2007 г. № 02. 512. 11. 2068.

Материалы диссертации были представлены и обсуждались на российских и международных конференциях, в том числе: Topical problems of biophotonics, Нижний Новгород, 2009, & laquo-Химическая биология — Фундаментальные проблемы бионанотехнологии& raquo- Новосибирск, 2009, XVII International Synchrotron Radiation Conference «SR-2008», Новосибирск, 2008, BGRS 2008, Novosibirsk, 2008, 29th International free electron laser conference: FEL-2007, Novosibirsk, 2007, IRMMW-THz 2005, Williamsburg, Virginia, USA, 2005.

Вклад автора в исследование проблемы

Автор принимал участие, как в планировании экспериментов, так и в их проведении. Большая часть экспериментальной работы выполнена лично автором. Исследования проводились на базе лазера на свободных электронах (ЛСЭ) терагерцового диапазона, разработанного и созданного в ИЯФ СО РАН [Gavrilov N.G. et al., 3007]. Для проведения экспериментов была оборудована & laquo-Станции исследований химико-физических и биологических свойств продуктов воздействия терагерцового излучения на вещества& raquo- в Сибирском центре синхротронного и терагерцового излучения СО РАН. Автор принимал непосредственное участие в планировании станции и её оснащении.

Благодарности

Автор выражает благодарность сотрудникам ИЯФ СО РАН и ИХКиГ СО РАН: коллективу операторов ЛСЭ и лично В. М. Попику и М. А. Щеглову за организацию пользовательских станций, настройку параметров и поддержание режимов работы ЛСЭ. В. В. Кубареву, А. С. Козлову и Е. Н. Чеснокову за проведение измерений на фурье-спектрометре. С. Б. Малышкину и А. Уницыну за помощь в измерении размеров аэрозольных частиц. Сотрудникам ИЦиГ СО РАН: С. И. Байбородину за помощь в проведении электронной микроскопии, Т. Н. Кузнецовой за изготовление модельного биочипа, коллективу лаборатории молекулярных биотехнологий за помощь и поддержку.

выводы

1. Разработан метод перевода молекул ДНК в газовую фазу под действием терагерцового излучения ЛСЭ длиной волны 130 мкм. На примере ДНК плазмиды pUC18, фрагментов ДНК фага А, и ДНК фагов X и Т7 показано, что в результате мягкой неразрушающей абляции происходит перевод молекул ДНК в газовую фазу в виде компактизованных структур, причём молекулы ДНК, после пребывания в аэрозоле сохраняют способность передачи наследственной информации.

2. На примере pUC18, показано, что аблированная плазмида сохранила способность к трансформации клеток Е. coli и репликации своего генома. Методом секвенирования показана полная идентичность последовательности ДНК плазмиды до и после абляции. Таким образом, доказано, что абляция ДНК под воздействием терагерцового излучения длиной волны 130 мкм носит неразрушающий характер.

3. В газовой фазе измерены размеры частиц, образуемых молекулами ДНК. Установлено, что во время пребывания в газовой фазе происходит конденсация ДНК. С помощью спектрометра аэрозолей определено, что диаметр глобулярных структур, образуемых молекулами ДНК в аэрозоле зависит от длины молекулы. Определена персистентная длина ДНК в газовой фазе, которая составила менее 1 нм.

4. Проведена мягкая неразрушающая абляция синтетической ДНК длиной 90 нуклеотидов, гибридизованной с комплиментарным олигонуклеотидом длиной 17 нуклеотидов, иммобилизованным на поверхности модельной ячейки биочипа. Методом секвенирования показана идентичность последовательности до и после абляции. Таким образом, доказана принципиальная возможность плавления ДНК-гибридов и снятия целевой ДНК с ячеек реальных биочипов на кремниевой основе.

ПУБЛИКАЦИИ

1. Petrov А.К., Kozlov A.S., Malyshkin S.B., Taraban M.B., Popik V.M., Scheglov M.A., Goriachkovskaya T.N., Peltek S.E. Nondestructive transfer of complex molecular systems of various origins into aerosol phase by means of submillimeter irradiation of free-electron laser (FEL) in the Siberian center for photochemical research // Nuclear instruments and methods in physics research. Sec. A. — 2007. -Vol. 575, No ½. -P. 68−71.

2. Петров A.K., Козлов A.C., Тарабан М. Б., Горячковская Т. Н., Малышкин С. Б., Попик В. М., Пельтек С. Е. Мягкая абляция биологических объектов под воздействием субмиллиметрового излучения лазера на свободных электронах. // ДАН, 2005. — Т. 404. — № 5. — С. 698−700.

3. Вагин М. С., Уницын А. С., Петров А. К., Козлов А. С., Малышкин С. Б., Попик В. М., Горячковская Т. Н., Пельтек С. Е. Исследование возможности определения масс биологических нанообъектов методом терагерцовой лазерной абляции // Вестник НГУ. Серия: Физика. 2009. — Т. 4, — вып. 3. — С. 74−77

4. Пельтек С. Е., Попик В. М., Горячковская Т. Н., Мордвинов В. А., Петров А. К. Способ абляции целевой ДНК с поверхности ДНК-биочипов. Патент Р Ф № 2 410 439. 2009.

5. Peltek S.E., Demidov Е.А., Demidova E.V., Goryachkovskaya T.N., Kolchanov N.A., Kulipanov G.N., Mesheryakova I.A., Popik V.M., Scheglov M.A., Vinokurov N.A. Novosibirsk FEL terahertz emission for biological application (plenary) // 2nd International THz-Bio Workshop 2011. 01. 19−20, — Seul National University, Seoul, Korea. 2011 — P. 37

6. Peltek S.E., Goryachkovskaya T.N., Kozlov A.S., Petrov A.K., Scheglov M.A., Mordvinov V.A., Popik V.M. FEL radiation use for large biomolecules ablation // II International symposium: Topical problems of biophotonics: TPB 2009: Proceedings, 19−24 July, 2009, Nizhny Novgorod — Samara — Nizhny Novgorod, Russia. — Nizhny Novgorod: Inst, of appl. Physics, 2009. — C. 304.

7. Пельтек C.E., Попик B.M., Колчанов H.A., Кулипанов Т. Н., Петров А. К., Горячковская Т. Н., Козлов А. С., Мордвинов В. А., Банникова С. В., Малуп Т. К., Демидов Е. А., Дужак Т. Г., Щеглов М. А. Терагерцовое излучение: проблемы и перспективы применения в биологии. // Сборник трудов конференции & laquo-Химическая биология — Фундаментальные проблемы бионанотехнологии& raquo- - Новосибирск, 2009 — С. 44.

8. Peltek S.E., Goryachkovskaya T.N., Dujak T.G., Mordvinov V.A., Popik V.M., Scheglov M.A., Kozlov A.S., Malyshkin S.B., Petrov A.K. FEL Radiation Use for Large Biomacromolecules Ablation. XVII International Synchrotron Radiation Conference «SR-2008», Новосибирск, 2008. P. 19. — Abstract MOPPH029.

9. S.E. Peltek, Goryachkovskaya T.N., Dujak T.G., Mordvinov V.A., Kolchanov N.A., Popik V.M., Scheglov M.A., Kozlov A.S., Malyshkin S.B., Petrov A.K. FEL radiation use for large biomacromolecules ablation // BGRS 2008, Novosibirsk, 2008. -P. 181.

10. Peltek S.E., Goryachkovskaya T.N., Kusnetsova T.N., Mordvinov V.A., Popik V.M., Scheglov M.A., Kozlov A.S., Malyshkin S.B., Petrov A.K. FEL Irradiation Use for the Biochip Production Standardization // 29th Intern. Free Electron Laser Conference, Aug 26−31, 2007, Budker INP, Novosibirsk, Russia.

11. Kozlov A.S., Petrov A.K., Malyshkin S.B., Taraban M.B., Popik V.M., Scheglov M.A., Goriachkovskaya T.N., Peltek S.E. Nondestructive transfer of complex molecular systems of various origin into aerosol phase by means of submillimeter irradiation of free electron laser (fFEL) of the Siberian center for photochemical research // Conference digest of the 2006 Joint 31st International conference on infrared and millimeter waves and 14th International conference on terahertz electronics: IRMMW — THz 2006, Sept. 18−22, 2006, Shanghai, China/ Eds: Xue Chu Shen e.a. — S.I., 2006. — P. 557.

12. Petrov A.K., Kozlov A.S., Taraban M.B., Goryachkovskaya T.N., Malyshkin S.B., Popik V.M., Peltek S.E. Mild ablation of biological objects under submillimeter radiation of the free electron laser //The Joint 30th International conference on infrared and millimeter waves and 13th International conference on terahertz electronics: IRMMW-THz2005, Williamsburg, Virginia, USA, Sept. 19 -23, 2005. -Piscataway: IEEE, vol. 1. P. 303−304.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Проведенная работа посвящена разработке условий перевода молекул ДНК в газовую фазу с помощью терагерцового излучения. Предложено принципиально новое использование лазерной абляции: для перевода генетических макромолекул в аэрозольную (газовую) фазу, обнаруженное явление названо мягкой неразрушающей абляцией. Возможность плавно варьировать длину волны и мощность излучения позволили подобрать условия абляции биологических полимеров без их деструкции.

Изучаемое явление мягкой неразрушающей абляции ДНК под воздействием терагерцового излучения представляет интерес для методических разработок в области молекулярно-генетического анализа и нанотехнологий. В ходе работы подобраны условия пробоподготовки и параметры излучения ЛСЭ для перевода молекул ДНК в газовую фазу. Доказано наличие в продуктах абляции интактных молекул ДНК пригодных для молекулярно-генетического анализа и экспериментов с ДНК в газовой фазе. Целостность молекул ДНК после абляции показана стандартными молекулярно-генетическими методами: рестрикционным анализом и секвенированием. Проведен рестрикционный анализ аблированной плазмиды р1ТС 18 тремя ферментами и полное секвенирование последовательности рис 18 до и после абляции. Разработанный метод мягкой неразрушающей абляции был применен для разрушения ДНК-гибрида на поверхности модельного биочипа и десорбции целевой ДНК длиной 90 нуклеотидов. Таким образом, показано, что терагерцовое излучение применимо для разрыва водородных связей без нарушения ковалентных. Секвенирование аблированной целевой ДНК выявило полную идентичность последовательностей контрольной и аблированной ДНК, тем самым был подтвержден неразрушающий характер метода. Предложено практическое применение метода мягкой неразрушаюгцей абляции для совершенствования технологии производства биочипов.

Методом мягкой неразрушающей абляции переведены в газовую фазу молекулы ДНК в виде наночастиц. Измерены физические размеры наночастиц ДНК в газовой фазе и в препаратах той же ДНК, осажденной из раствора на слюду. Показана линейная зависимость размеров наночастиц, получаемых путем мягкой неразрушающей абляции от количества пар оснований в исходной молекуле ДНК. Атомно-силовая микроскопия подтвердила, что после абляции в газовой фазе присутствуют достаточно крупные молекулы.

Таким образом, разработан новый метод перевода ДНК в аэрозольную фазу без изменения первичной структуры под действием терагерцового излучения.

ПоказатьСвернуть

Содержание

Глава 1 Обзор литературы.

1.1 Использованием терагерцового излучения в молекулярно-биологических исследованиях.

1.1.1 Введение.

1.1.2 Терагерцовая и инфракрасная спектроскопия.

1.1.3 Использование терагерцового излучения в масс-спектрометрии.

1.1.4 Десорбция и масс-спектрометрия ДНК.

1.2 Методы измерения размеров наночастиц.

1.2.1 Атомно-силовая микроскопия.

1.2.2 Электронная микроскопия.

1.2.3 Спектрометры аэрозолей.

1.3 Характеристики Новосибирского ЛСЭ.

1.4 Механизмы абляции.

1.5 Физические размеры ДНК.

Список литературы

1. Анисимов С. И., Лукьянчук Б. С. Избранные задачи теории лазерной абляции //Успехи физических наук -2002. -Т. 172. № 3. — С. 301−333.

2. Анкилов А. Н., Бакланов A.M., Козлов A.C., Малышкин С. Б., Определение концентрации аэрозолеобразующих веществ в атмосфере //Опт. Атм. Ок. 2000. — Т. 13. -№ 6−7. — С. 644−647.

3. Аршинов М. Ю., Белан Б. Д., Ковалевский В. К., Толмачев Г. Н. Результаты климато-экологического мониторинга на TOR-станции. Ч. З. Атмосферный аэрозоль //Оптика атмосферы и океана. -1995. Т. 8, -№ 8, — С. 1185−1190.

4. Беспалов В. Г. Сверхширокополосное импульсное излучение в терагерцовой области спектра: получение и применение //Оптический журнал. 2006. — Т. 73. -№ 11. — С. 28−37.

5. В. JI. Братман, Н. С. Гинзбург Лазеры на свободных электронах // под. ред. А. М. Прохорова Физическая энциклопедия. — М.: & laquo-Советская энциклопедия& raquo-, 1988. — Т. 2.

6. Вайнштейн Б. К. Восстановление пространственной структуры биологических объектов по электронным микрофотографиям //Изв. АН СССР. Сер. Физическая. 1972. -Т. 36. -№ 9. -С. 12−28.

7. Ветошкин А. Г., Таранцева K.P. Технология защиты окружающей среды (теоретические основы): Учебное пособие Пенза: Изд-во Пенз. технол. ин-та, 2004. — 249 с.

8. Геологический словарь М.: Недра, 1978.

9. Ивлев Л. С., Химический состав и структура атмосферных аэрозолей Д.: Изд-во ЛГУ,-1982-С. 368.

10. Киселев Н. А. Электронная микроскопия биологических макромолекул, М., 1965.

11. Либенсон М. Н., Шандыбина Г. Д., Шахмин А. Л. Химический анализ продуктов абляции наносекундного диапазона //Журнал технической физики. 2000. — Т. 70. — вып. 9. -С. 124−127.

12. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Методы генной инженерии, пер. с англ. /под ред. А. А. Баева, К. Г. Скрябина. — М.: Мир, 1984. — 480 с.

13. Миронов В. Л. Основы сканирующей зондовой микроскопии Издательство: РАН, Институт физики микроструктур — 2004 — С. 110. 15. НТ-МДТ/www. ntmdt. ru.

14. Панченко М. В., Терпугова А., Козлов B.C., Полькин В. В., Яушева Е. П. Годовой ход конденсационной активности субмикронного аэрозоля в приземном слое атмосферы Западной Сибири// Оптика атмосферы и океана. 2005. Т. 18, № 8. 678−683

15. Петров А. К., Козлов A.C.,. Тарабан М. Б, Горячковская Т. Н., Малышкин С. Б., Попик В. М., Пельтек С. Е. Мягкая абляция биологических объектов под воздействием субмиллиметрового излучения лазера на свободных электронах //ДАН. 2005. — Т. 404ю -№ 5. -С. 1−3.

16. Ревокатова И. П., Силин А. П. Вакуумная туннельная микроскопия новый метод изучения поверхности твердых тел //Успехи физических наук. — 1984. — Т. 142. — № 1. — С. 12−24.

17. Рудяк В. Я., Дубцов С. Н., Бакланов A.M. О зависимости коэффициента диффузии наночастиц от температуры //Письма в ЖТФ. 2008. — Т. 34. — Вып. 12. — С. 48−54.

18. Симакин А. В., Воронов В. В., Шафеев Г. А. Образование наночастиц при лазерной абляции твердых тел в жидкостях /Труды института общей физики им. A.M. Прохорова -2004. -Т. 60. -С. 83−107.

19. Спивак Г. В., Сапарин Г. В., Быков М. В. Растровая электронная микроскопия //Успехи физических наук. 1969. Т. 99ю — № 4ю — С. 38−54.

20. Стоянова И. Г., Анаскин И. Ф. Физические основы методов просвечивающей электронной микроскопии. М., 1972.

21. Суслов А. А., Чижик С. А. Сканирующие зондовые микроскопы (обзор) // Материалы, Технологии, Инструменты — Т.2 1997, № 3, С. 78−89.

22. Тейф В. Б., Ландо Д. Ю. Конденсация ДНК, вызванная адсорбцией лигандов. Молекулярная биология том 35, No. 1, 2001, с 117−119

23. Третьяков В. Е., Генерозов Э. В., Громова О. А., Говорун В. М. Генетическая паспортизация населения новая технология диагностики в медицине //Журнал & laquo-Поликлиника»-. — 2008. -№ 2. — С. 10−12.

24. Утевский Л. М. Дифракционная электронная микроскопия в металловедении. М., 1973. -С. 584.

25. Финч А., Гейтс П., Редклиф К., Диксон Ф., Бентли Ф. Применение длинноволновой ИК-спектроскопии в химии. М., 1973. — С. 125 — 184.

26. Флори П. Д, Статистическая механика цепных молекул, пер. с англ., М., 1971

27. Фурзиков Н. П. Механизм импульсной лазерной абляции полимеров //Химическая физика. -1990. том 9, № 10, — С 1354.

28. Хокс П. Электронная оптика и электронная микроскопия, пер. с англ., М., 1974

29. Хохлов А. Р., Кучанов С. И. Лекции по физической химии полимеров. М., & quot-Мир"-, 2000

30. Шиммель Г. Методика электронной микроскопии, пер. с нем. М. — 1972.

31. Andersen Т.Е., Kirpekar F., Haselmann K.F. RNA fragmentation in MALDI mass spectrometry studied by H/D-exchange: mechanisms of general applicability to nucleic acids //J Am Soc Mass Spectrom. 2006. — Vol. 10. — P. 1353−1368.

32. Ann N.Y. MALDI-TOF mass spectrometry for quantitative, specific, and sensitive analysis of DNA and RNA //Acad Sci. 2006. — Vol. 1075. — P. 282−287.

33. Auer S., Trovato A., Vendruscolo M. A condensation-ordering mechanism in nanoparticle-catalyzed peptide aggregation //PLoS Comput Biol. 2009. — Vol. 5(8). — P. el000458.

34. Auston D H and Smith P R. Generation and detection of millimeter waves by picosecond photoconductivityAppl. Phys. Lett. 1983, 43, 631−3.

35. Ayoubi M.A., Zinchenko A.A., Philippova O.E., Khokhlov A.R., Yoshikawa K. Visualization of different pathways of DNA release from interpolyelectrolyte complex //J Phys Chem B. 2007. — Vol. 111(29). — P. 8373−8378.

36. Balaic D. X., Barnea Z., Nugent K. A., Garrett R. F., Varghese J. N., Wilkins S. W. Protein crystal diffraction patterns using a capillary-focused synchrotron x-ray beam //J Am Chem Soc. -2007. Vol. 129(21). — P. 6726−6735.

37. Barbara A, Shehadeh-Masha'our R, Garzozi H.J. Laser ablation in eyes with congenital nystagmus //J Refract Surg. 2007. — Vol. 23(6). — P. 623−625.

38. Barnes M., Freudenberg J., Thompson S., Aronow B., Pavlidis P. Experimental comparison and cross-validation of the Affymetrix and Illumina gene expression analysis platforms //Nucleic Acids Res. 2005. — Vol. 33(18). — P. 5914−5923.

39. Baumann C.G., Smith S.B., Bloomfield V.A., Bustamante C. Ionic effects on the elasticity of single DNA molecules //Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997. Vol. 94. — P. 6185−6190.

40. Berkenkamp S, Kirpekar F, Hillenkamp F. Infrared MALDI mass spectrometry of large nucleic acids //Science. 1998. — Vol. 281(5374). — P. 260−262.

41. Blievernicht J.K., Schaeffeler E., Klein K., Eichelbaum M., Schwab M., Zanger U.M. MALDI-TOF Mass spectrometry for multiplex genotyping of CYP2B6 single-nucleotide polymorphisms //Clinical Chemistry. 2007. Vol. 53(1). P. 24−33.

42. Bloomfield VA. DNA condensation //Curr Opin Struct Biol. 1996. — Vol. 6(3). — P. 334 341.

43. Bolivar P.H., Nagel M., Richter F., Brucherseifer M., Kurz H., Bosserhoff A., Biittner R. Label-free THz sensing of genetic sequences: towards 'THz biochips' //Phil. Trans. R. Soc. Lond. A 2004. — Vol. 362. — P. 323−335

44. Born B, Kim SJ, Ebbinghaus S, Gruebele M, Havenith M. The terahertz dance of water with the proteins: the effect of protein flexibility on the dynamical hydration shell of ubiquitin //Faraday Discuss. 2009. — Vol. 41. — P. 161−73.

45. Brenner V, Piuzzi F, Dimicoli I, Tardivel B, Mons M. Spectroscopic evidence for the formation of helical structures in gas-phase short peptide chains. //J Phys Chem A. 2007. -Vol. 111(31). -P. 7347−54.

46. Brucherseifer M., Nagel M., Bolivar P.H., Kurz H., Bosserhoff A., Buttner R. Label-free probing of the binding state of DNA by time-domainterahertz sensing //Appl. Phys. Lett. -2000. Vol. 77(24). -P. 4149−4151.

47. Brukner I., Susie S., Dlakic M., Savic A., Pongor S. Physiological concentration of magnesium ions induces a strong macroscopic curvature in GGGCCC-containing DNA //J. Mol Biol. 1994. — Vol. 236(1). — P. 26−32

48. Burtscher H., Literature Study on tailpipe particulate emission measurement for diesel engines fachhochschule Aargau University of Applied Science CH 5210 — Windisch, Switzerland, March 2001.

49. Chang W. C, Huang L.C., Wang Y. S, Peng W.P., Chang H.C., Hsu N.Y., Yang W.B., Chen C.H. Matrix-assisted laser desorption/ionization (MALDI) mechanism revisited //Anal Chim Acta. 2007. — Vol. 582(1). — P. 1−9.

50. Chatterjee A., Adak A., Singh A.K., Srivastava M.K., Ghosh S.K., Tiwari S., Panuganti C. S. Devara, and Raha S. Aerosol Chemistry over a High Altitude Station at Northeastern Himalayas //India PLoS One. 2010. — Vol. 5(6). — P. el 1122.

51. Chen L.J., Kao T.F., Lu J.Y., Sun C.K. A simple terahertz spectrometer based on a low-reflectivity Fabry-Perot interferometer using Fourier transform spectroscopy. Opt Express. 2006, 14(9): 3840−6.

52. Chen Q., Tang W., Wang D., Wu X., Li N., Liu F. Amplified QCM-D biosensor for protein based on aptamer-functionalized gold nanoparticles //Biosens Bioelectron. 2010. — Vol. 26(2). -P. 575−9.

53. Chen Y., Cai J., Liu M., Zeng G., Feng Q., Chen Z. Research on double-probe, double- and triple-tip effects during atomic force microscopy scanning //Scanning. 2004. — Vol. 26(4). -P. 155−161.

54. Choe S., Chang R., Jeon J., Violi A. Molecular dynamics simulation study of a pulmonary surfactant film interacting with a carbonaceous nanoparticle //Biophys J. 2008. — Vol. 95(9). -P. 4102−4114.

55. Compagnon I., Oomens J., Meijer G., von Helden G. Mid-Infrared Spectroscopy of Protected Peptides in the gas phase: a probe of the backbone conformation //J. Am. Chem. Soc. 2006. — Vol. 128. — P. 3592−3597.

56. Conwell C.C., Vilfan I.D., Hud N.V. Controlling the size of nanoscale toroidal DNA condensates with static curvature and ionic strength. //PNAS. 2003. — Vol. 100(16), — P. 92 969 301.

57. Chiu T.K., Dickerson R.E. A crystal structures of B-DNA reveal sequence-specific binding and groove-specific bending of DNA by magnesium and calcium //J Mol Biol. 2000. — Vol. 301(4). -P. 915−945.

58. Dolgaev S. I., Simakin A. V., Voronov V. V., Shafeev G. A., Bozon-Verduraz F. Nanoparticles produced by laser ablation of solids in liquid environment //Applied Surface Science. 2002. — Vol. 186(28). — P. 546−551.

59. Dower W.J., Miller J.F. Ragsdale C.W. High efficiency transformation of E. coli by high voltage electroporation //Nucleic Acids Research, 1988, Vol. 16, No. 13 6127−6145.

60. Dreisewerd K. The Desorption Processin MALDI //Chemical Reviews. 2003. — Vol. 103. -P. 395−425.

61. Dunbar R.C., Polfer N.C., Oomens J. Gas-phase zwitterion stabilization by a metal dication //J. Am. Chem. Soc. 2007. — Vol. 129(47). — P. 14 562 -14 563.

62. Ebbinghaus S., Kim S.J., Heyden M., Yu X., Heugen U., Gruebele M., Leitner D.M., Havenith M. An extended dynamical hydration shell around proteins //Proc Natl Acad Sci U S A.- 2007. -Vol. 104(52). P. 20 749−20 752.

63. Ellis D.L., Weisberg N.K., Chen J.S., Stricklin G.P., Reinisch L. Free electron laser infrared wavelength specificity for cutaneous contraction //Lasers Surg Med. 1999. — Vol. 25(1). -P. 1−7.

64. Filipe V., Hawe A., Jiskoot W. Critical evaluation of nanoparticle tracking analysis (NTA) by nanosight for the measurement of nanoparticles and protein aggregates //Pharm Res. 2010. -Vol. 27(5). -P. 796−810.

65. Fu Y., Xu S., Pan C., Ye M., Zou H., Guo B. A matrix of 3,4-diaminobenzophenone for the analysis of oligonucleotides by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry //Nucleic Acids Res.- 2006. Vol. 34(13). — P. e 94.

66. Gabelica V, Rosu F, De Pauw E, Lemaire J, Gillet JC, Poully JC, Lecomte F, Gregoire G, Schermann JP, Desfrancois C. Infrared signature of DNA G-quadruplexes in the gas phase. //J Am Chem Soc. 2008. — Vol. 130(6). -P. 1810−1

67. Galue H. A., Pirali O., Oomens J. Gas-Phase infrared spectra of cationized nitrogen-substituted polycyclic aromatic hydrocarbons //Astronomy & Astrophysics. 2010, — Vol. 517. -P. A15.

68. Golan R., Pietrasanta L.I., Hsieh W., Hansma H.G. DNA Toroids: Stages in Condensation //Biochemistry. 1999. — Vol. 38(42). — P. 14 069 -14 076.

69. Grosberg, A.Y., Zhestkov, A.V., On the compact form of linear duplex DNA: globular states of the uniform elastic (persistent) macromolecule //J Biomol Struct Dyn. 1986. — Vol. 3(5). -P. 859−72.

70. Guo X., Bruist M.F., Davis D.L., Bentzley C.M. Secondary structural characterization of oligonucleotide strands using electrospray ionization mass spectrometry //Nucleic Acids Research. 2005. — Vol. 33(11). — P. 3659−3666.

71. Hagerman, P. J. Flexibility of DNA //Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1988. — Vol. 17. -P. 265−286.

72. Han P.Y., Zhang X. -C. Free-space coherent broadband terahertz time-domain spectroscopy //Meas. Sci. Technol. -2001. Vol. 12. — P. 1747−1756.

73. Hanley C., Thurber A., Hanna C., Punnoose A., Zhang J., Wingett D.G. The Influences of Cell Type and ZnO Nanoparticle Size on Immune Cell Cytotoxicity and Cytokine Induction //Nanoscale Res Lett. 2009. — Vol. 4(12). — P. 1409−1420.

74. Harbig J., Sprinkle R., Enkemann S.A. A sequence-based identification of the genes detected by probesets on the Affymetrix U133 plus 2.0 array //Nucleic Acids Res. 2005. -Vol. 33(3). -P. e31.

75. Heugen U., Schwaab G., Brundermann E., Heyden M., Yu X., Leitner D.M., Havenith M. Solute-induced retardation of water dynamics probeddirectly by terahertz spectroscopy //PNAS. 2006. -Vol. 103(33). -P. 12 301−12 306.

76. Heyden M, Havenith M. Combining THz spectroscopy and MD simulations to study protein-hydration coupling //Methods. 2010. — Vol. 52(1). — P. 74−83.

77. Heyden M, Sun J, Funkner S, Mathias G, Forbert H, Havenith M, Marx D. Dissecting the THz spectrum of liquid water from first principles via correlations in time and space. //Proc Natl Acad Sci US A. -2010. -Vol. 107(27). P. 2068−2073.

78. Hiraoka K. Laser spray: electric field-assisted matrix-assisted laser desorption/ionization //J Mass Spectrom. 2004. — Vol. 39(4). — P. 341−50.

79. Hofmann Т., Herzinger C.M., Boosalis A., Tiwald Т.Е., Woollam J.A., Schubert M. Variable-wavelength frequency-domain terahertz ellipsometry //Rev Sci Instrum. 2010. — Vol. 81(2). -P. 23 101.

80. Honda A., Sonobe H., Ogata A., Suzuki К Improved method of the MALDI-TOF analysis of DNA with nanodot sample target plate //Chem Commun (Camb). 2005. — Vol. 42. — P. 5340−5342

81. Jiang J., Oberdorster G., Elder A., Gelein R., Mercer P., Biswas P. Does Nanoparticle Activity Depend upon Size and Crystal Phase? //Nanotoxicology. 2008. — Vol. 2(1). — P. 3342.

82. Karas M. Kruger R. Ion formation in MALDI: the cluster ionization mechanism //Chemical Reviews. 2003. — Vol. 103. — P. 427−439.

83. Kaufman Y.J., Koren I., Remer L.A., Rosenfeld D., a Rudich Yio The effect of smoke, dust, and pollution aerosol on shallow cloud development over the Atlantic Oceamo //Proc Natl Acad Sei USA.- 2005. Vol. 102(32). — P. 11 207−11 212.

84. Keefer E.W., Botterman B.R., Romero M.I., Rossi A.F., Gross G.W. Carbon nanotube coating improves neuronal recordings //Nat Nanotechnol. 2008. — Vol. 3(7). — P. 434−439.

85. Kepper P., Reinhardt R., Dah A., Lehrach H., Sauer S. Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometric analysis of DNA on microarrays //Clinical Chemistry -2006. -Vol. 52:7. -P. 1303−1310.

86. Kim Y.S., Hochstrasser R.M., Applications of 2D IR spectroscopy to peptides, proteins, and hydrogen-bond dynamics //J Phys Chem B. 2009. — Vol. 113(24). — P. 8231−8251.

87. Klimenko S.M., Tikchonenko T.I., Andreev V.M. Packing of DNA in the head of bacteriophage T2 //J Mol Biol. 1967. — Vol. 23(3). P. 523−33.

88. Klug D.D., Zgierski M.Z., Tse J.S., Liu Z., Kincaid J.R., Czarnecki K., Hemley R.J. Doming modes and dynamics of model heme compounds //PNAS. 2002. — Vol. 99(20). — P. 12 526−12 530.

89. Knochenmuss R., Zenobi R. MALDI ionization: the role of the in-plume processes //Chemical Reviews. 2003. — Vol. 103. — P. 441−452.

90. Koh A.L., Shachaf C.M., Elchuri S., Nolan G.P., Sinclair R. Electron Microscopy Localization and Characterization of Functionalized Composite Organic-Inorganic SERS Nanoparticles on Leukemia Cells //Ultramicroscopy. 2008. — Vol. 109(1). — P. 111−121.

91. Kong Y., Zhu Y., Zhang J.Y. Ionization mechanism of oligonucleotides in matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry //Rapid Commun Mass Spectrom. -2001. -Vol. 15(1). -P. 57−64.

92. Kumirska J., Czerwicka M., Kaczynski Z., Bychowska A., Brzozowski K., Thoming J., Stepnowski P. Application of Spectroscopic Methods for Structural Analysis of Chitin and Chitosan //Mar Drugs. -2010. Vol. 8(5). — P. 1567−1636.

93. Lattman E.E., Molecular structures from femtosecond x-ray pulses //PNAS. 2001. — Vol. 98(12). -P. 6535−6536.

94. Larkin J.E., Frank B.C., Gavras H., Sultana R., Quackenbush J. Independence and reproducibility across microarray platforms //Nat Methods. 2005. — Vol. 2(5). — P. 337−44.

95. Lavelle C., Victor J. -M., Zlatanova J. Chromatin Fiber Dynamics under Tension and Torsion //Int J Mol Sei. 2010. — Vol. 11(4). — P. 1557−1579.

96. Lee J.K., Bussey K.J., Gwadry F.G., Reinhold W., Riddick G., Pelletier S.L. et al. Comparing cDNA and oligonucleotide array data: concordance of gene expression across platforms for the NCI-60 cancer cells //Genome Biol. 2003. — Vol. 4(12). — P. 82.

97. Leitner D.M., Gruebele M., Havenith M. Solvation dynamics of biomolecules: modeling and terahertz experiments //HFSP J. 2008. — Vol. 2(6). — P. 314−323.

98. Leisner A., Rohlfmg A., Berkenkamp S., Hillenkamp F., Dreisewerd K. Infrared laser post-ionization of large biomolecules from an IR-MALD (I) plume //J Am Soc Mass Spectrom. -2004. -Vol. 15(6). P. 934−41.

99. Levitsky V.G., Katokhin A.V., Podkolodnaya O.A., Furman D. P., Kolchanov N.A. NPRD: Nucleosome Positioning Region Database //Nucl. Acids Res. 2005. — Vol. 33 — P. D67-D70.

100. Li J., Wang Z., Gryczynski I., Mandecki W. Silver nanoparticle-enhanced fluorescence in microtransponder-based immuno- and DNAhybridization assays //Anal Bioanal Chem. 2010. -Vol. 398(5). -P. 1993−2001

101. Lu L., Lin X. Glassy carbon electrode modified with gold nanoparticles and DNA for the simultaneous determination of uric acid and norepinephrine under coexistence of ascorbic acid //Anal Sci. 2004. — Vol. 20(3). — P. 527−30.

102. Lyubchenko Y.L., Shlyakhtenko L.S. AFM for analysis of structure and dynamics of DNA and protein-DNA complexes //Methods. 2009. — Vol. 47(3). P. 206−213.

103. MacLellan K., Loney C., Yeo R.P., Bhella D. The 24-Angstrom Structure of Respiratory Syncytial Virus Nucleocapsid Protein-RNA Decameric Rings //J Virol. 2007. — Vol 81(17). -P. 9519−9524.

104. Manning G. S. The molecular theory of polyelectrolyte solutions with applications to the electrostatic properties of polynucleotides //Q. Rev. Biophys. 1978. — Vol. 11. — P. 179 -246.

105. Marshall E. //SCIENCE. 2004. Vol. 306. — P. 630−631.

106. Mazur A.K. Evaluation of Elastic Properties of Atomistic DNA Models //Biophysical Journal 2006. — Vol. 91. — P. 4507 -4518.

107. Matsuura S., Tani M., Abe H., Sakai K., Ozeki H., Saito S. High-Resolution Terahertz Spectroscopy by a Compact Radiation Source Based on Photomixing with Diode Lasers in a Photoconductive Antenna//J Mol Spectrosc. 1998. — Vol. 187(1). -P. 97−101.

108. Metzner R., Schneider H.U., Breuer U., Schroeder W.H. Imaging Nutrient Distributions in Plant Tissue Using Time-of-Flight Secondary Ion Mass Spectrometry and Scanning Electron Microscopy //Plant Physiol. 2008.- Vol. 147(4). — P. 1774−1787.

109. Misra A., Hong J. -Y., Kim S. Multiplex genotyping of cytochrome P450 single-nucleotide polymorphisms by use of MALDI-TOF mass spectrometry //Clinical Chemistry. 2007. — Vol. 52(5). -P. 933−939.

110. Murphy L.D., Zimmerman S.B. Condensation and cohesion of lambda DNA in cell extracts and other media: implications for the structure and function of DNA in prokaryotes //Biophys Chem. 1995. — Vol. 57(1). — P. 71−92.

111. Nafradi B., Gaal R., Sienkiewicz A., Feher T., Forro L. Continuous-wave far-infrared ESR spectrometer for high-pressure measurements //J Magn Reson. 2008. — 195(2). — P. 206−10.

112. Nagel M. and Kurz H. Corrugated waveguide based genomic biochip for marker-free THz read-out International Journal of Infrared and Millimeter Waves, 2006, V. 27, N. 4, 517−529.

113. Nakayama S., Nozaki R., Senna M. Refinement of nano-structured fibroin thin films by near-IR pulsed laser deposition from targets consolidated with autogenous binder //J Biomater Sci Polym Ed. 2008. — Vol. 19(7). — P. 915−24.

114. Nguyen K.L., Friscic T., Day G.M., Gladden L.F., Jones W. Terahertz time-domain spectroscopy and the quantitative monitoring of mechanochemical cocrystal formation //Nat Mater. 2007. — Vol. 6(3). — P. 206−9.

115. Neidle S. DNA structure and recognition /IRL Press, Oxford, 1994. — 147 p.

116. Neil G.R. High power FEL developments a review 29th international Free Electron Laser conference — 2007. — P. 31.

117. Niu S., Zhang W., Chait B.T. Direct comparison of infrared and ultraviolet wavelength matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry of proteins //J Am Soc Mass Spectrom.- 1998.- 9(1). -P. 1−7.

118. Oberacher H. On the use of different mass spectrometric techniques for characterization of sequence variability in genomic DNA //Anal Bioanal Chem. 2008. — Vol. 391. — P. 135−149.

119. Oomens J., Polfer N., Moore D.T., van der Meer L., Marshall A.G., Eyler J. R., Meijer G., von Helden G., Charge-state resolved mid-infrared spectroscopy of a gas-phase protein //Phys. Chem. Chem. Phys. -2005. Vol. 7. P. 1345.

120. Oomens J., Steill J.D. Free carboxylate stretching modes. J. Phys. Chem. A, 2008, 112 (15), 3281 -3283.

121. Patriksson A, Adams CM, Kjeldsen F, Zubarev RA, van der Spoel D. A direct comparison of protein structure in the gas and solution phase: the Trp-cage //J Phys Chem B. 2007 — Vol. 111(46). -P. 13 147−50.

122. Piacenza M, Grimme S. Systematic quantum chemical study of DNA-base tautomers //J Comput Chem. 2004. — Vol. 25(1). — P. 83−99.

123. Post C.B., and B. H. Zimm. Internal condensation of a single DNA molecule //Biopolymers. 1979. 18: 1487−1501.

124. Pusch W, Wurmbach J-H, Thiele H, Kostrzewa M. MALDI-TOF mass spectrometry-based SNP genotyping //Pharmacogenomics 2002- 3(4): 537−548.

125. Raspaud E., Olvera de la Cruz M., Sikorav J. -L., Livolant F. Precipitation of DNA by Polyamines: A Polyelectrolyte Behavior //Biophysical Journal. 1998. — Vol. 74. — P. 381−393.

126. Rioux D., Laferriere M., Douplik A., Shah D., Lilge L., Kabashin A.V., Meunier M.M. Silicon nanoparticles produced by femtosecond laser ablation in water as novel contamination-free photosensitizers //J Biomed Opt. 2009. — Vol. 14(2). — P. 21 010.

127. Rouzina I., Bloomfield V. A. Force-Induced Melting of the DNA Double Helix 1. Thermodynamic Analysis //Biophysical Journal. 2001. — Vol. 80. — P. 882−893.

128. Rouzina I., Bloomfield V. A. Macroion attraction due to electrostatic correlation between screening counterions. 1. Mobile sur-face-adsorbed ions and diffuse ion cloud //J. Phys. Chem. -1996. Vol. 100. — P. 9977−9989.

129. Rouzina I., Bloomfield V.A. DNA Bending by Small, Mobile Multivalent Cations //Biophysical Journal. 1998. — Vol. 74. — P. 3152−3164.

130. Rueda M., Kalko S.G., Luque F.J., Orozco M. The structure and dynamics of DNA in the gas Phase //J. Am. Chem. Soc. 2003. — Vol. 125 (26). -P. 8007 -8014.

131. Rungsawang R., Ueno Y., Ajito K. Detecting a sodium chloride ion pair in ice using terahertz time-domain spectroscopy //Analytical sciences. 2007. — Vol. 23. — P. 917−920.

132. Sachse C., Chen J.Z., Coureux P. -D., Stroupe M.E., Fandrich M., Grigorieff N. HighResolution Electron Microscopy of Helical Specimens: A Fresh Look at Tobacco Mosaic Virus //J Mol Biol. 2007. — Vol. 371(3). — P. 812−835.

133. Sarkar T., Vitoc I., Mukerji I., Hud N.V. Bacterial protein HU dictates the morphology of DNA condensates produced by crowding agents and polyamines //Nucleic Acids Research. -2007. Vol. 35(3). -P. 951−961.

134. Shlyakhtenko L.S., Lushnikov A.Y., Lyubchenko Y.L. Dynamics of Nucleosomes Revealed by Time-Lapse AFM // Biochemistry. 2009. — Vol. 48(33). — P. 7842−7848.

135. Schmuttenmaer C. A. Exploring dynamics in the far-infrared with terahertz spectroscopy //Chemical Reviews. 2004. — Vol. 104(4). — P. 1759−1779.

136. Schmutz M., Durand D., Debin A., Palvadeau Y., Etienne A., Thierry A.R. DNA packing in stable lipid complexes designed for gene transfer imitates DNA compaction in bacteriophage //PNAS. 1999. -Vol. 96 (22). — P. 12 293−12 298.

137. Scripps Center for Mass Spectrometry. http: //masspec. scripps. edu/mshistory/ whatismstoc. php.

138. Senkan S., Kahn M., Duan S., Ly A., Leidholm C. High-throughput metal nanoparticle catalysis by pulsed laser ablation //Catalysis Today. 2006. — Vol. 117, — P. 291−296.

139. Seol Y., Li J., Nelson P.C., Perkins T.T., Betterton M.D. Elasticity of Short DNA Molecules: Theory and Experiment for Contour Lengths of 0. 6−7 ?urn //Biophys J. 2007. — Vol. 93(12). -P. 4360−4373.

140. Shi X., Takamizawa A., Nishimura Y., Hiraoka K., Akashi S. Stability analysis for double-stranded DNA oligomers and their noncovalent complexes with drugs by laser spray //J Mass Spectrom. -2006. Vol. 41(8). — P. 1086−95.

141. Shotton, M.W., Pope, L.H., Forsyth, T., Langan, P., Denny, R.C., Giesen, U., Dauvergne, M.T., Fuller, W. A high-angle neutron fibre diffraction study of the hydration of deuteratedA-DNA //Biophys. Chem. 1997. — Vol. 69 — P. 85−96.

142. Shon C. -H., Chong W. -Y., Jeon S. -Gy., Kim G. -J., Kim J. -I., Jin Y. -S. High speed terahertz pulse imaging in the reflection geometry and image quality enhancement by digital image processing // Int J Infrared Milli Waves 2008. -Vol. — 29. P. 79−88.

143. Silva GA. Nanomedicine: shorting neurons with nanotubes. Nat Nanotechnol. 2009. -Vol. 4(2). -P. 82−3.

144. Siuzdak G. The Expanding Role of Mass Spectrometry in Biotechnology, /MCC Press, San Diego, CA, 2003.

145. Sobczak N., Nowak R., Asthanab R., Purgert R. Wetting in high-temperature materials processing: The case of Ni/MgO and NiWIO/MgO //Scripta Materialia. 2010. — Vol. 62. — P. 949−954.

146. Sohaebuddin S.K., Thevenot P.T., Baker D., Eaton J.W., Tang L. Nanomaterial cytotoxicity is composition, size, and cell type dependent. // Part Fibre Toxicol. 2010. — Vol. 7. P. 22.

147. Soichi W. Synchrotron X-ray protein crystallography in the structural proteomics era. //Journal of the Crystallographic Society of Japan. 2005. — Vol. 47(6). — P. 380−389.

148. Sponer J., Riley K.E., Hobza P. Nature and magnitude of aromatic stacking of nucleic acid bases. //Phys Chem Chem Phys. 2008. — Vol. 10(19). — P. 2595−610.

149. Speranza M, Gasparrini F, Botta B, Villani C, Subissati D, Fraschetti C, Subrizi F. Gasphase enantioselective reactions in noncovalent ion-molecule complexes. //Chirality 2009 -Vol. 21(1). -P. 69−86.

150. Sudha R., Zenobi R. The detection and stability of DNA duplexes probed by MALDI mass spectrometry. //Helvetica Chimica Acta. 2002. — Vol. 85. — P. 3136−3143

151. Suto K., Nishizawa J. Widely frequency-tunable terahertz wave generation and spectroscopic application //International Journal of Infrared and Millimeter Waves. 2005. -Vol. 26

152. Takamizawa A., Maeda H., Kambara S., Furuya H., Hiraoka K. Measurement of sugars using the laser spray technique with a gold capillary. //Rapid Commun Mass Spectrom. 2008. -Vol. 22(16)-P. 2453−6.

153. Takeda Y, Kondow T, Mafune F. Formation of Au (III)-DNA coordinate complex by laser ablation of Au nanoparticles in solution. //Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids. 2005. -Vol. 24(8). -P. 1215−25.

154. Tanabe T, Ragam S, Oyama Y. Continuous wave terahertz wave spectrometer based on diode laser pumping: potential applications in high resolution spectroscopy. //Rev Sci Instrum. -2009. -Vol. 80(11). P. 113 105.

155. Tang X., Callahan J.H., Zhou P., Vertes A. Noncovalent protein-oligonucleotide interactions monitored by matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry. //Anal Chem. 1995 — Vol. 67(24). — P. 4542−8.

156. Tang K., Taranenko N.I., Allman S.L., Chen C.H., Chang L.Y., Jacobson K.B. Picolinic acid as a matrix for laser mass spectrometry of nucleic acids and proteins. // Rapid Commun Mass Spectrom. 1994 — Vol. 8(9). — P. 673−7.

157. Taylor S., Smith S., Windle B., Guiseppi-Elie A. Impact of surface chemistry and blocking strategies on DNA microarrays. //Nucleic Acids Res. 2003. V. 31. P. 87−93.

158. Wang W, Lin J, Schwartz DC. Scanning force microscopy of DNA molecules elongated by convective fluid flow in an evaporating droplet. //Biophys J. 1998. — Vol. 75(1). — P. 513−20.

159. Watari F., Takashi N., Yokoyama A., Uo M., Akasaka T., Sato Y., Abe S., Totsuka Y., Tohji K. Material nanosizing effect on living organisms: non-specific, biointeractive, physical size effects //J R Soc Interface. 2009. — Vol. 6. -P. S371-S388

160. Weining W., Lin J., and David C. Schwartz scanning force microscopy of DNA molecules elongated by convective fluid flow in an evaporating droplet. //Biophysical Journal 1998 — Vol. 75 — P. 513−520.

161. Williams G.P. Electrons and lasers sing THz tune. //Nature Physics. 2008 -Vol. 4. P. 356.

162. Williams M.M.R., Lojalka S.K. Aerosol science theory and practice 1991.

163. Williams P., Schieltz D.M., Chou C. -H., Luo C. -W. and Thomas R.M. Mass spectrometry of DNA mixtures by laser ablation from frozen aqueous solution //Rapid Commun. Mass Spectrom., -1992. Vol. 6(10). P. 631−6.

164. Wilson R.W., V.A. Bloomfield. Counterion-induced condensation of deoxyribonucleic acid. A light-scattering study. //Biochemistry. 1979. -Vol. 18. — P. 2192−2196.

165. Won A., Ianoul A. Interactions of antimicrobial peptide from C-terminus of myotoxin II with phospholipid mono- and bilayers //Biochimica et Biophysica Acta. 2009. — Vol. 1788(10). -P. 2277−83.

166. Wu Q., Zhang X. -C. Free-space electro-optic sampling of terahertz beam. //Appl. Phys. Lett. -1995. -Vol. 67. -P. 3523.

167. Xu J., Plaxco K.W., Allen S.J. Collective dynamics of lysozyme in water: terahertz absorption spectroscopy and comparison with theory //J Phys Chem B. 2006a. — Vol. 110(47). P. 24 255−9.

168. Xu J., Plaxco K.W., Allen S.J. Probing the collective vibrational dynamics of a protein in liquid water by terahertz absorption spectroscopy //Protein Sci. 2006b. — Vol. 15(5). — P. 117 581.

169. Yasui T., Nose M., Ihara A., Kawamoto K., Yokoyama S., Inaba H., Minoshima K., Araki T. Fiber-based, hybrid terahertz spectrometer using dual fiber combs. //Opt Lett. 2010. Vol. 35(10). -P. 1689−91.

170. Zhang Z., Zhou L., Zhao S., Deng H., Deng Q. 3-Hydroxycoumarin as a new matrix for matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry of DNA. //J Am Soc Mass Spectrom. 2006. Vol. 17(12). -P. 1665−8.

171. Zheng J., Birktoft J.J., Chen Y., Wang T., Sha R., Constantinou P.E.,. Ginell S. L, Mao C., Seeman N.C. From Molecular to Macroscopic via the Rational Design of a Self-Assembled 3D DNA Crystal //Nature. 2009. — Vol. 461. — P. 74−77.

Заполнить форму текущей работой